FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n02_ath_048.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n02_ath_048.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[WARN]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCCTAATAGTGTAAGAAGAAGCAAAAAAAGTAATTATCAAAGCTGTAACA14.166666666666666No Hit
ATTGTACACATGTTAATTTTTCACATTTTGAGTTTTAGATGAAAAACAAT14.166666666666666No Hit
CCCTTCCCTCACGGTACTACTTCGCTATCGGTCACCCAGGAGTATTTAGC14.166666666666666No Hit
TATTTATATATATTATCGATTATATAGATTTTATTTTTGAATTATATTCA14.166666666666666No Hit
GGACTATCAATCGTTAGCGAGCCGTGAGTGCATCTAGATAGGACATTATA14.166666666666666No Hit
ACTTTTATCACTTAGGAGCCGTGCGAGATGAAAGTCTCATGCACGGTTTT14.166666666666666No Hit
ATTTGAGGGGGGATCATCAGCATAACTTGTCCGGCGGAGGAGAACGAGTG14.166666666666666No Hit
AGGTCGGCCAGTGAGACGGTGGGGGATAAGCTTCATCGTCGAGAGGGAAA14.166666666666666No Hit
GCTCCGGATCCTGCTCACAAAATATCAAAACCATTCTCANAATTTCAATC14.166666666666666No Hit
CATTAAGTGTTGCGTACAGTCTCACAAAGGGAGTCAAAATCGCTAAGGGC14.166666666666666No Hit
GTCAAAAAGCGTCTTCCGTGGCTCAGGTAGTGACTAGTTTACAGGAACGA14.166666666666666No Hit
ACACTAAATAAATCCAACAAAATAAATACTACACCGACAAAATANCAAGA14.166666666666666No Hit
GTTTAGAACACAGATTATGTCAGAGACTAGAAAAGAAGGTAAACTCAAAC14.166666666666666No Hit
GGTGCTAGGGGGGTGTGGGGGTGGGCGTGGGGGTCGGGGGGGGGGGGGGG14.166666666666666No Hit
ATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCCTTAACCCTTCCCCCTCTTACTAA14.166666666666666No Hit
GCGTCGTCGTGATATGGAGTTGGCTCTCGAGATCGCAGTAGTCACTGGCA14.166666666666666No Hit
CCCATGGACATGTATCGCATGCGGGTTTGTATTGAAGCGAAATGTTTCGT14.166666666666666No Hit
GAGCAAGGATTCTTTGGAGAAATCATGGTGAGGACACTTCATAGTGCAGC14.166666666666666No Hit
AAACAAAAATTTTCAAACGAATAAATACCAAAAATACTTAGACAACAAAA14.166666666666666No Hit
ATCAAAGAGGGATCCATCAATCATGCACAAAGTAGGATCGGTTGATCTTT14.166666666666666No Hit
CCATTGAAGGAGTGATTACCACATCCATGTCCGAGGGCCCATCATCAGTG14.166666666666666No Hit
GTAATACAGGATCGTTCAAATCCGGTTTTTTTGTTATTGGGATAGGTGAA14.166666666666666No Hit
GTTTTAGAGAANTCTTTTTTCTCCCATCAGCCATAATAATCAGAACTGGA14.166666666666666No Hit
GTAGCACAGGGTCTTGGAGGGGTTTCAGCGGAGTGTTCTAGTATGTTAAA14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)