FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_chi_051.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_chi_051.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGATAGGTGGTAGGTAGTTCGATGCGCGAGCATGGAGCCTACGAACACTA28.333333333333332No Hit
ACCTAAAAATCTTCTGGTCTATTCATGACAAAATAACTATTCGCTAGTCA14.166666666666666No Hit
TCACTGGTACGTTCTCACAACTCCCTATTCATTATTTCAATAACTGCATT14.166666666666666No Hit
TTACTACGGCGACGAAGAATCAAAGTCTCACTATATTTTTTCCTTTTTCT14.166666666666666No Hit
AGGCATATCTAGTCTTCACTTCATATTTCGATGGATGAAGTTTAGTTATT14.166666666666666No Hit
GGGTTTGACACTTTTTTCTACACTGACGGAACTAGATCTGAGCCAAAATT14.166666666666666No Hit
GTTTTATACAATAATTCTTTTGTATATCAGCTGGGGCCACGTAAGAACCC14.166666666666666No Hit
GTGCATTACACAATTTGCTAGTGACTTGAGAGACAAACACACAAAGTAAG14.166666666666666No Hit
CCACTGAACGCTTAGCTTAGAAGTATATGGATGAGGTTGTGAGACGACAT14.166666666666666No Hit
CGTATCTCTCACTTGGCTTCAACACGTTCGTTGATGAACTAATGCTACTT14.166666666666666No Hit
GTCTTCTTCCATTAACATTGTTCTCTCTTCATTTCCATGAACTGGATTTA14.166666666666666No Hit
AGCAAGGACTACATCCGGGGGCTAGGGGTATGGAAAATTGAGGTCAAGCG14.166666666666666No Hit
GGAGGAGTCTGACTCCAGTGTCGATCGACACTAGGTGAGTGTCGAACGAC14.166666666666666No Hit
GGCTTCCACTCATTTCTGTCAAAGCCTCGTCAACCAATCCAGGCTGACGG14.166666666666666No Hit
ATACTGTGTTTCAACATCACATTTAACATTTCTTACATAAAGCTCTAAAC14.166666666666666No Hit
ATTCCAATCCTCTCTATTCTCTCCCAAAGATCATTTCTAAAACTTGGGTT14.166666666666666No Hit
ATGGAAAATGGACAAATGGTCAAGAAGCAAAAGACAAAGAGGGTCCAAAA14.166666666666666No Hit
TAATAAGATGATATGGTACATGCATGGACCTCTTTATAGTACAGAAACAG14.166666666666666No Hit
GTTTCTATCAACATCCCTGTTGAGGAAGATGGACATACACCATTGCTAAA14.166666666666666No Hit
GAAGTAGCTTTTTTCAAGAAAAAATGTTCAAACACTAATAGTATTTTAAT14.166666666666666No Hit
GTATTCTAGGTTCTAAGGTCAATAAAAAAAAAGAATCAAACAACTTATTT14.166666666666666No Hit
AATATACTATAATACTTTAAGAAGCAAGAAAAATTTTGTTTAGCGTTTTA14.166666666666666No Hit
CTTTTTTTCTTTGCAAACTGTCCATATATAGGGTAAGCAGATGAAAACAG14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)