FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_086.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_086.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC40

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[WARN]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTGTGTTGAAGGGATATCTAGATGATCCGATCGATTGCGTAAAGCCCGC11.3333333333333335No Hit
TTTAAAAGGGAGAGTGGAGCTAAGCATGTAACAGGAGGTTCAAGAACTTC11.3333333333333335No Hit
GATCTGCTCCTCAACTCGGTTAAAATGGTCCTGTCTATGCCTTTTCATTC11.3333333333333335No Hit
ATGAACTTCCATCAACATCCTGAAGAGTTAGTTTACCCAAGTATACATCA11.3333333333333335No Hit
TTATATAGTTGAATCTTTATGATATTACCTGGCATAAATGGCGCATCCTC11.3333333333333335No Hit
GTCTTGTTTTTAAATGTGTAGGTTCATCAAGATAGCAAATTTACCACTGC11.3333333333333335No Hit
TCTTTTATCTAATTGCTTAATAACGGGAGCATGATTCCTTAATCCTTAGT11.3333333333333335No Hit
GGTAGTGTCAATAGCGGCGATAATCCCGTTGATAATGGGTCGGCGAGAAG11.3333333333333335No Hit
GTCAGGTCGCTGAGCATCTGACGGCGCCCGAAGGCGTACAGGACCAGGAC11.3333333333333335No Hit
ATAAAGAGTGGAATTTGCGCTTGTGGAAATTATCGAGTGATCGGAGATGA11.3333333333333335No Hit
CCATTAGTCAAATGATAATGAATGATACTTCGGTAGATGATACTTTGGTA11.3333333333333335No Hit
TCCTAACGAATTATGGTTTGCAAAGAGATAAGGATCAAATATGTTTAGGA11.3333333333333335No Hit
GTATATTGCAGATGCTTAAGAGGAATTTATCTGTGAAACTTGCTCCTCAA11.3333333333333335No Hit
ACTGTGGAAAGAATAATTTTGCTTTATGTTGAAATAATAATTTATGCCTC11.3333333333333335No Hit
GTGATAAGACTTCTGATTCCCTTGCATCGGGAACATTTCTTGCATAGTCA11.3333333333333335No Hit
GAATCCGGCGTTTCACTCTCCCAATCCCCCGGATTTCTCAAAGCTCCCGG11.3333333333333335No Hit
ATATTTTAATTAGTACAAAACATAAAAAAAGTTGAAAACAGTTGTAGATA11.3333333333333335No Hit
GATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCTTAACACATGCAAGTCG11.3333333333333335No Hit
CTTAAATATATGTGTCGCCGACCTTCTTTGTCTCGATTAATTTTTATTTA11.3333333333333335No Hit
ATCAAACACATACTTGATCTCAATTGTATTCATAATGTACTCACTTAATT11.3333333333333335No Hit
CTTGGACTTACCTCTCCAGAGCCATCAATATCAATGATCTTGCAAGCAAT11.3333333333333335No Hit
GCCTTCGATTTAGGGCGCACTTCCAATGATGCTGTAAGATTCTCACTCTT11.3333333333333335No Hit
ACCCTTTTACATCTTACTTCCATGTTTCCATAAATCATTGCTCTTCACTT11.3333333333333335No Hit
GGAAATTCCCGAGGATTCTTTCTTAATATCATTTCGAACACAACTGGTAC11.3333333333333335No Hit
GAATATCTGCTTTGTAATTTTTTCTAAAACAATATTTCCCTTTTTTTTAA11.3333333333333335No Hit
CTATAAGGCGTGAGGCCATCATTCAGGACCACAGATGAAGATCCACCACA11.3333333333333335No Hit
TACATATTTAATATATCATAATAATAAGAAATAGAACCATAAGACCACTA11.3333333333333335No Hit
GAACTATAGCGTGCTCCGGGAGACGTGATGCTATGTTAGTTTTGTAAGGA11.3333333333333335No Hit
GTGTTCATCCACTAAGGAGGAATAAAAAAGACTTCTTGAAGGGAAAAGAT11.3333333333333335No Hit
CTTTCGGAAGAAATGGAGATACATTGATTGGCCTTAAATGGGGTTTTATG11.3333333333333335No Hit
ATACAACTAAGACTACCTTTCGTAGATGCGGTTAAGCTGGTCCCGACCTC11.3333333333333335No Hit
GTGTATGTGTCTTGTGGACTGAGTAAATTCGCGCGTCTGATGAAGAAAAC11.3333333333333335No Hit
TCTTTGAGGTTTTAGCCAATTTGTATGTATATGGCTTGATTAAATTACAA11.3333333333333335No Hit
GAACAAAACAGGAGCCTTAAGTAAGCTGTGTTTATTATTTTATTTTTTTC11.3333333333333335No Hit
GAGAAAGTTGACATCACAAAAAATCAAACTTAATTTACTCAAAAATCTTA11.3333333333333335No Hit
GAGAAAATACACACAACCCAACTGCGAATTTTACATATGCAGTGAGAACC11.3333333333333335No Hit
TCTCGGTGGTCCCTACTTAATGCGCAAGTAGGATAAGTATAACCTGGGAC11.3333333333333335No Hit
GTTACGGTGGCAACCACAAGCTGCGCACGTTAGTGAAGTGGGGTCGTTTG11.3333333333333335No Hit
GTACCTCACATATATCCCACATAGTAGATCGATTGATTGTTGCTAAGACT11.3333333333333335No Hit
GTATGACATTTCTTTGGTTCACTTGCATATTTCTCATACTCCTCATCGGA11.3333333333333335No Hit
AAGATCAGCGTTATTACATTTGGATCCCAGGAGGAGGTTCTAAAGGATTT11.3333333333333335No Hit
CACTACAAAAAACAAATCCACATAAAAAAATCATTAAAATACCAGAAATA11.3333333333333335No Hit
AGTAATATGGTTCATTATAATTACACTAAATTTTAGTTTTACTGTATTTG11.3333333333333335No Hit
CTATTAATGAGGCAAATTCAATGAAACAACAACTGGTCCCATAAAGAAGC11.3333333333333335No Hit
GAATAGAACATTGGGCTGCGGTTAAGTGGATCCTAAGGTACATCAAAGGT11.3333333333333335No Hit
TCGGGCGGCGGGCGCATGCGTCGCTTCTAGCCCGGATTCTGACTTAGAGG11.3333333333333335No Hit
CTAACATATAAATGGAAAATATGCTAACTTTAACAGACTAAGAGAAAGAG11.3333333333333335No Hit
ATGAGTAAGTTTTTTTCTTGTCAAGCAAGCAATGAGTAAGTAATATTTCT11.3333333333333335No Hit
CCTCTCTCGTGGTATTCAAGTTCTAGGGTTCCGTTCTAAACCCATTTCTC11.3333333333333335No Hit
ATGTATAAGTGTTGGCTCTAAAGTAACTATCTCTGAGTGTATCTCCTAAT11.3333333333333335No Hit
ATCTTAACCTTAGCTAATATATTTATACGGTTAACGGTTACGGTACAAAA11.3333333333333335No Hit
ATAAACGAAAGATAACTAAAAAAAACAAAAAAAACACATAAAAAGTCATC11.3333333333333335No Hit
GTACCGGATTGTGCCATTGGTGATCGATGAAAATTTGCATACACCTTCAT11.3333333333333335No Hit
AAGTAATCGTCTGATAGACAATTTTAAAATGCCGTGCTGTTTTCTTTTAA11.3333333333333335No Hit
GAAGGTGATGACAGTGAGATGGAATCACCAAGTATCGATTCTGCTCTAGA11.3333333333333335No Hit
CGGCGTGTGAGTGGTAATTGGATAACTAGCGTTTGTAGGCTAGGTGCTTG11.3333333333333335No Hit
CACCATCAGTTCATTTTCTCGGACTCTTTTTTATTTTAGTTGAAACTTTG11.3333333333333335No Hit
ACCTCACTGAAGCCGAGATTGCTGAGAAGTTTGCCTCTGGTGTCTCGATG11.3333333333333335No Hit
CACACAATGTTATAAACATCATTTCACAAATTAATCAGTTAAAATTCTAC11.3333333333333335No Hit
CCCATAAAAGATATGAGAAGCAAGAACAATAAACTTATGTATTAAACAAT11.3333333333333335No Hit
GATACATGGAGACTGAATTCCTGCCTTAGGATATGGCGTAGTTCATTTGG11.3333333333333335No Hit
CCATATGATTAATAAAAACTTTCACTGCCACATGACGTTGTACAAACTTT11.3333333333333335No Hit
TATCACAACTGAGGACGAAAATCAAAATTACTTCTCCACTAGAAACTGTG11.3333333333333335No Hit
TCAGTTTAAGAGTGATGACTGACGACTGCGCAACAACAGAGATAGATAAG11.3333333333333335No Hit
CTTATAGAATGATCTTAATAACAATTGTTTTTTAATCAATATAGAGGTCC11.3333333333333335No Hit
TAACATAAATAATACAATACAAACTTAAATACATACCTTAAGAATAAAAA11.3333333333333335No Hit
CGGTTGGATGAAATGAGATGAATTAGAGAGTTGGGTGATATTTCAACAGA11.3333333333333335No Hit
GTGTGTTTGTAGTTTCCTAGTGCAGGGAGAGAGCATGGTGTCGCATCAGA11.3333333333333335No Hit
GTATAGAAGTGTGACCTCGAAGACAGATTGTGTATAAACTTGAAATTTTT11.3333333333333335No Hit
AATACTCATATCGTGTTTGAAAATGATCCATAGTGGTTCCTTTTGAATCA11.3333333333333335No Hit
GGTTAAGACGCACCAAATTTTATACCTTTTACAAATTTTAATGTTCTGAT11.3333333333333335No Hit
AATCATAAGTAAAAACTTTGTATATAAAATAATAAACCTATACAGATTAA11.3333333333333335No Hit
GTATAAAAGATTGAAAAACCATCACAAACCTCCCTTTTTTCTTTTCTATT11.3333333333333335No Hit
GATTTTTGTGGATGTTGATCTTAAAAAGAGCCTACCAAAGCATTATATTT11.3333333333333335No Hit
GTTAAAGACAGTCCTTCGCGTAAATTGCTTTGAATAGGTAAATCAATCAT11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)