FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_080.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_080.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC39

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTTAGATAATGAGTTTCAGTTGAAGTTTAGAACTATGAAGATGCGCGCGT11.3333333333333335No Hit
CTTTCTTTTCAGAATTATCGCCCTGATAAAAAAAATATTCTGGTGATAGG11.3333333333333335No Hit
CGCGGTGAGTGGCAAGCCGAACACCGACTCAGCGTTGGTTGATGTCTGTA11.3333333333333335No Hit
ATAAATAATAAAATATAAATTAAAAAATAACTCAAAAATCAAGAACTAAA11.3333333333333335No Hit
GATTAGAGCTAGCTATTCAAGCAATTATCAAAAAGGTGTGGTACTAGCAG11.3333333333333335No Hit
ATTCTACAATGTCTCAACTGGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGG11.3333333333333335No Hit
ATTATAAAACCTAACAAAATCATTTGTTCATAGAAGTAGAGATCTAATAA11.3333333333333335No Hit
GCCTTGTGACCGGGGTGCTCAAGAGGCCAGGCCTCGGTCACGAGCCTTGT11.3333333333333335No Hit
ATATAGTATGTTTTAGCAAAATAACCAAAGCAAAAGATGGGATACTGCCC11.3333333333333335No Hit
TTCTTGTAGTCTTACTTGGGATAATGTATTTTGGCAGATTGCGTTCTCTA11.3333333333333335No Hit
AAAGTAAACACATAAAAACAAAAGACTTTGAATATATTTTGTAACAGAGG11.3333333333333335No Hit
TCTTAATTCTATATGACAACTGATTTAGCCTAATTATACATTTATGCACC11.3333333333333335No Hit
TCTGAATAGTTTCGGTTAAATTCGTATTAGTTAAACCGGTTTAGAGCAAT11.3333333333333335No Hit
TGGGAACATAAAACCAGATAGAGGCTGAGAAATAGGACACGAGAGTTTGA11.3333333333333335No Hit
CACTAGGTGACTTCCACTCGCTTATGTCATATATGAAAGTATTCTGTAAT11.3333333333333335No Hit
AGTTACAATTAACTTTATGGTCTCTTTTTTTTTTTTTGTCACTCAAACTT11.3333333333333335No Hit
AAATAAGAAACGGTCTCTCCAACGCATAAATGGTTGGGAGTTCACATTCT11.3333333333333335No Hit
GTATGCCCCCATCGTCTAGTGGTTCAGGACATCTCTCTTTCAAGGAGGCA11.3333333333333335No Hit
TTAGTGTCCCGGGTCAATTTCTCTACCCGAACCGAGAGAACCGGGCCGAT11.3333333333333335No Hit
AGATAAGAGTCATCATGCTGACTCTCAATCATGTTCTCCGGGTTTGGTAG11.3333333333333335No Hit
ACACAACATTGAGGTGGCTTCGGACTTATAGTCTAGGAATCAAACCTTTG11.3333333333333335No Hit
CTCAAGAAGCTTATTGTTATAAGTACAAATAAACGTTGTTATAAACAGTA11.3333333333333335No Hit
CCTCGAGACGCCGGGAGGTGGTTGTTCGAGCTCGTCTGTGCATCATAGGA11.3333333333333335No Hit
GAAAAATACTTTTTTTTTCGTAAAAGCCGAGCCACTAGGACGAACTAACA11.3333333333333335No Hit
GTTTATAATGTTCCAAAAATCTAATGTGTTTACTTATGTATATTAATAAA11.3333333333333335No Hit
GCAATCGACTTCACAGCCCAGGGTTAATTTATTGAGAGTGGCTGAGAGGA11.3333333333333335No Hit
GTTAAAATTGATTGATAAAAGTAGCATAAGGAATCGGAAAAAGTATGCAT11.3333333333333335No Hit
AATTAAAAAACAAAAAAAAATATTCTCTCACCAAATCAAAAGACACCAAA11.3333333333333335No Hit
GTATGGTGATCAGCATGGATGTGAGAGATCCATATACATCTCAAGTTTCT11.3333333333333335No Hit
ATTTTAATATATCATTCAATTAGAAGTTTACTAGATTGAAAATTTATGAC11.3333333333333335No Hit
TTTTATTGCTCTGCCNCAACCCCGTTTTCACGGTTTAGGCTGCTCCCATT11.3333333333333335No Hit
TACCTATATTATGTTCGTGAATTAATATTTGTTGTACTAAATCTCACTTT11.3333333333333335No Hit
GATCAAGGACCAAAGAGTCCAAGAGGTGATATTGTTGAATCGCCCAAGGG11.3333333333333335No Hit
GGCGTACCTGACGCTATTCCGGTAATAGGATCGCCTCTTGTAGAATTATT11.3333333333333335No Hit
GACTGCCACCGACTTGCCTTTTTCTTCCACAGTGCTTCGCTTTTTAGCTT11.3333333333333335No Hit
AACCATGGTGAGGACACTGCGTTGTGTACTCCTAAAACCTCTCCCATGCT11.3333333333333335No Hit
ATTTTATACATATTGACTAACAGTGATAACTCGATGTTAACACTTAATGA11.3333333333333335No Hit
GTGCATATTCATTCCCTGTTTATACCATCATATGCGTATTTCACTCACTT11.3333333333333335No Hit
GTATTTACAATCGTTACTTCTCTATTATATTGCTCAATACGTTCACGGAT11.3333333333333335No Hit
GAAAATTAAACCATAAACTTACAAAAATAAAAAAATAAATTTAAAATTTC11.3333333333333335No Hit
CAATATAAAACAAAAGTTAATAATAAACAATTTTAATTTCAAAAAACTCT11.3333333333333335No Hit
GTAGGTATTATCGCGGGTCAATCTATTGGCGAACCGGGGACTCAACTAAC11.3333333333333335No Hit
CACAATATATGGTTAAATCACTCTACCATCAAATTGATTTTAGAAGATGA11.3333333333333335No Hit
GTTTTTTTTCCTTTGCATACATTCGTCTTGTGAAACCCTAAGAAACCCCT11.3333333333333335No Hit
CGGATCTGCTCAATCTCAAGTCTTAAACTTTGTAAGTAAAATTTATTCTA11.3333333333333335No Hit
CTTATAATGCAATAGCATTCTCTGGTCCAATTGCTGTTTTTGTGTCTGTC11.3333333333333335No Hit
GTGGGAGTCTTCATAGCCATGACGTCGTCCTCAGGAATATATCCTTCATT11.3333333333333335No Hit
CAATACAAACTAAAAATAAAAAAGCTGATCAGAAATATGAAATCAAAAGC11.3333333333333335No Hit
GCTATATATATAAACATAAAATCAAATTAAATGTGCATTATATGATCTTT11.3333333333333335No Hit
TATCATAATTATCTCTGACGGTTTATGGTTCTAGCATGACCACTCGATGA11.3333333333333335No Hit
GGAACAAGTAAGCTCTGAAGTAACCCCGCTGGAACTTGGGGGTCAATTTT11.3333333333333335No Hit
AGTGCGTGGTTGCAGAAGGGTGGGAAGGAACAAAGGTGTACTGGGTGCAC11.3333333333333335No Hit
AAGTAAGCTTCCTAAAAAGTCTTCAAAGCATGACCATCGTGGTCATGGCC11.3333333333333335No Hit
GTACCTCCGGAGCCCTCTAAAGAATTTCTGCTTTTCATCAGCAGCTAAGT11.3333333333333335No Hit
CATTAAATTGCGAAGAATTTTTTTTTTAGCCCCCATATATCAAACGAAAA11.3333333333333335No Hit
ATTATGTATTAATCAATATTCGATTGATTGGTCTGAGGTTATTGATAAAA11.3333333333333335No Hit
ATAACTTACTACGTAGTCTTAAAATTCAATATTTAACAACTTTTTTTGAC11.3333333333333335No Hit
GTAACCAGAGGCTTCGGTATAACAATAGTTGTATGTCCAGCATAAGCCAT11.3333333333333335No Hit
GGATACCTCTTTTTAGTCTCATTCAATAGATTAAATGAGTAAAACAGCTC11.3333333333333335No Hit
GTTTTGTAGATTGATCAAGTTGTTATAACTATTGAAAGTTTACCTACCTT11.3333333333333335No Hit
GGTTACAGGTGAAGCACGGCGAGGCTATTTGGATGTGGTCGCTGAGTTAC11.3333333333333335No Hit
GTCAATATGTTTTAAAAGTGAAAAATATCTAATGAAGTTAAAAATGTTGT11.3333333333333335No Hit
GAATCCGGTGAATTATTTTTCATATTTAAATGAATCCAAATTGATAAGGA11.3333333333333335No Hit
ATCCAACCATAAGGTAAATCAGCCGCTATTCCTCCAATACGAAAATAATT11.3333333333333335No Hit
CAACAAATTTGCAAACAAACTTAGACACCCAAAGCGATCAAGAACATCAC11.3333333333333335No Hit
GTTTGACATTTCCAACCAAATTAGAAATCTAAATGTAATCGAACCAAATC11.3333333333333335No Hit
AATTTATAAATAAAACAATAGAAAGAATACAACAAAGAATCTTAGGAGTG11.3333333333333335No Hit
CTAGTATTGATAGTCAAAAATATGTATAAATAGAAAGCTAAGGGCACTGT11.3333333333333335No Hit
GAATTGAACCTACGAATTCGCCAATTATGAGTTGGGCGCTTTAACCATTC11.3333333333333335No Hit
CGTCTATCGTCGTCTGAAGTTTTGCTCGAATGTCACCTTTCAGCCCCAAA11.3333333333333335No Hit
TCTTAATTCTTATTATACTAGTTAGAACTTGAGTACCAACTTAATTAAGC11.3333333333333335No Hit
GCTCGTGACTCGTGAAGCTTAGCTGAGACTTCAATCTCGAATGCCCTCGT11.3333333333333335No Hit
ATCAATGGTCGTCTCTCCGAATCTGAAGAGAATCAATGGGCAGTGTGACA11.3333333333333335No Hit
GTAAACTTATCTTCCCAAACCGGATCATCATAGAGAATATCAAACCGGTC11.3333333333333335No Hit
CCAACCGGCAGCTAACGGCTCTGTAGTTGGAACTATCATCAGCACGTTCT11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)