FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_064.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_064.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC43

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
ACTGAAGAGATAGAGATGGGGGTGGGACTAACCTCTTCCTTATCAAAGGC14.166666666666666No Hit
GTGATAATATGAGAGGAAAAATTAAGACGTTGAAAGTCTCGGTGGATAAA14.166666666666666No Hit
GTTAATTAAAATATCAAAAAATATCTAAAAAAAATTCAAATCTAAATGCT14.166666666666666No Hit
TTGTACGTACNTGGAAAGAACTCAAACGTAACAATGGGACGATAATACGA14.166666666666666No Hit
GGGGCGCGCTCTACCACTGAGCTAATAGCCCGTCGTGGGGGGCCCCGGGG14.166666666666666No Hit
GTCAAGGAACCGGATTGGAGCTCTTAGCTTCCCATGGTCCGTGGAGCTTG14.166666666666666No Hit
ACTCTCCCCTATGATGCTACCATATACTTGAACGTGAAATTGCTTTAATT14.166666666666666No Hit
CTTTTAGTATTACTTTTTGAGTCCAGATATAGAAAAATTTAACTAAACTT14.166666666666666No Hit
GATAAGAAGAGGAGCTTGGTAAAAGTGGTGAACTCCTCGGTAAAGATAGG14.166666666666666No Hit
ATCTCAAATGATTCCACATGAAAGAGGACCGGGCAATCGCCCTCTTGAGT14.166666666666666No Hit
GCTATTGAGAACGAATCAAATCAGATGGTTCTATTTCTCAATCTTTCGGA14.166666666666666No Hit
GAATTACCTTCACAAATGCCAATTAACTGCTGTAAATGATGCCTGCTTTG14.166666666666666No Hit
GGGGTTGGTTGAGGTTTTGAGTGGTAAGAGAGAGAAAAAGAGTGCTAAAA14.166666666666666No Hit
GATTTCCATAGTTCTGCTTTATGTATTCCAAAACTCCTTCAAGACCCCAA14.166666666666666No Hit
GTCCATTTTTTTTTTTGAATACTGATTGGCATGCTTTAATGAAGAGAACG14.166666666666666No Hit
CAGAATCTATATGGATAGAATTTATAACGGGGTCTCGAAAAACAAGTAAT14.166666666666666No Hit
GTATCGATATGAATCCATTATGAATCGATATTATTACATTCCAATTCCTT14.166666666666666No Hit
CACTACACAATGCTAGGTGTATTAGAAACCCTATAGATCATTTGATAGAT14.166666666666666No Hit
TTACAAAGATGGGCTTAGACGTTACCCGAAAATGTCGGCATTATGGTTGA14.166666666666666No Hit
TTTACTTCTTCTTAGTAACTATAAAATGTACCGTTAGATTTCATCACTAT14.166666666666666No Hit
TTCCAGATCCATATAGTATTCTAACAGTGGTACATACCACTCCTTAGAAA14.166666666666666No Hit
GTGAAACTAAGTGGAGGTCCGAACCGACTGATGTTGAAAAATCAGCGGAT14.166666666666666No Hit
GGCCTGCGCGGGTGCTGGGTCATCGGATTGCTTCACACACACAACAAGCT14.166666666666666No Hit
CTCTTGTACTTGACAGCTTCGCCTGACGTCATCATCATTCTTCTACGGAC14.166666666666666No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)