FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_059.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_059.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences48
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTCTAGTTTTTGGTTCAATGTTGATGGATTATATTTTTATTTACAAAATC24.166666666666666No Hit
GAGTTTTGTTAGCATGAGAATGTTTTTTATTTTATTTCTATATCGAATAT24.166666666666666No Hit
GGGTTATATCTTATCTTAATGATGTTTCGATTTTGGTCTTCATAAATCTC24.166666666666666No Hit
ATCTAAACCTCTGGTAAAAAGCCCCCCGTAACCCAGCAGATAAAGTACAT24.166666666666666No Hit
TATCTAGGGATAATAACAAGTATTTTGTATCATTCATTGATGAGAAATCG12.083333333333333No Hit
ACCATATTCTTCTCCAATCTGGGTTTTACTCACGTCTCGAATGAATTCAA12.083333333333333No Hit
GTTGAGATCTGTATAAGTGAGTGAGAGAGACTTACATAGAAAGCAGTGAC12.083333333333333No Hit
ATGTTAAATGTTTATTACGTACTCAGCCTCGCTAAGCAACTCCGATCAAG12.083333333333333No Hit
TTCCAAGACTCTGCATTAGGTTAAACCTAGTGATTGAGAAAAAAATCTCT12.083333333333333No Hit
TTATTATACATTAGCTTTATCGTTGGTATAACTAATCAAACATAAAAACC12.083333333333333No Hit
GTATAATTATATAATATATATAATAGAAATAATAAAAATACAAGATATTT12.083333333333333No Hit
GTCTCAAAAAGGGAGTCGAAATCACTAAGGGCTAGTAACGGGGGGCCATT12.083333333333333No Hit
ATAGTATGCTTTTTACAAGGTTAGAGTGATGAAACTTAATCAACGGTTGA12.083333333333333No Hit
GACCAACTTGGCTTAGTAAAGTTGCAAAACACATTCAGGAGAAGATATAA12.083333333333333No Hit
ACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTC12.083333333333333No Hit
ACTCTATTTTTTTTTGACAAATAAGCCAGCAGTCGTTGACGTTTTCCCAG12.083333333333333No Hit
AAATGGTGGAGTAAAACATTTTGGGATGAACCCAAATAATAATAGCGTCG12.083333333333333No Hit
GCCTACACCCCGACGGCCCAGTCTTTGATGGTAGGAAAGTTTAAACAAAA12.083333333333333No Hit
TCTAGTAACAGAGGAGGTAGAAGTGCGTCTAAGAATTCGAATAGAGGTGT12.083333333333333No Hit
ATCTTTGGTTTTGTTTCACTGTGATTTTGCGCATTGGCTTGCACCGGAGT12.083333333333333No Hit
GAGACAGACCAAACAGGACCAATCTTAAACACAGAGTACTTGAAAATCGC12.083333333333333No Hit
CATTAAATTAATATGTTTGCTCGCGGTAATTGTGAACTCTCGGGAGAATC12.083333333333333No Hit
GCGTTACTTAACAGAAAGAATATCATGCAGGAAAGAGTGAAACTGTGACT12.083333333333333No Hit
AGTATCTTCTTCATCTGGACGTGCTGGATATTGATTCCAATTCTTGATTT12.083333333333333No Hit
CTACAACGAACCTCTGGTGGACTATTCTTGGCTATTGTCATGTCCTTTGA12.083333333333333No Hit
CAAGATCACCGAAGTCATGTCTAAACCCAAAGTTTCAAAGTAAGGATAAA12.083333333333333No Hit
GATACAAGTAATTCCTGACATCTGGTCGAAAAGGAATAGAAAATCTAAAG12.083333333333333No Hit
GTGATTTAGAAAGGAAACATAGAGTCCAACATTTCACTTCAACTCTAAAA12.083333333333333No Hit
ATTATGTTGCTTATAATAATACTTCTAATTTTATTCAATACCCTAAATCG12.083333333333333No Hit
ATCTTGATCGAACCCATATTTGCCCAATGGATACAATCTGCTCATGGGAA12.083333333333333No Hit
CATGACAACAAGTCATATTCGACTCCAAAACACTAACCAACCTTCTTCTT12.083333333333333No Hit
ACATGACTGAGAATGTCGTGCAATGAAGTCTCACACCATTCTATGGTCAA12.083333333333333No Hit
GTTTAGATCTAGTGATCTAAAGTGCATTTTACTCTCTGTGGATTCGATCT12.083333333333333No Hit
GGGTCGCGATCCCGCGAGGGTGAGCTAACTCCAAAAACCCGTCCTCAGTT12.083333333333333No Hit
GGTCCAATGATATCCATGGACCAACGCATAACTGGATAAGGAGCTGCAAC12.083333333333333No Hit
GTATAATTAATTACCATTGTCTAATGAATTAGTGGGAGTACACACATAGA12.083333333333333No Hit
TTGTAACCCTGTCTCTTTTGTCTCAAACCAAAGCTAACAATGGCAACTCA12.083333333333333No Hit
TCTGTATTGCATACATGTTGCATATTGGGGTGTTTTCAGGTACTTTTGGA12.083333333333333No Hit
GATCCAGACCGACTACTACTACTTACACCGTTTTTTCTCTTCTTCTCCGT12.083333333333333No Hit
CATGTGCACCAGCCAAACCAGTCTAGGAAAGAAGGAAGCTAAAACAAACA12.083333333333333No Hit
ATGTCGGAAGTTTTTATGGGGTTTGAGAAGATGTCGAGAGTTCCGGTGAA12.083333333333333No Hit
GAACGAAGCACTTGGATTGATATCAACATGTTTCCTGCGTCCACCATTTG12.083333333333333No Hit
AATATCTACAATTATCAGATTCATAAATTACTATGTAGATATTATAAGTA12.083333333333333No Hit
TATCATTGCCGTCAGCAATAGGTTGATTACGTCGAGAACGGAGTGCAGAA12.083333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)