FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_057.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_057.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GTATTACTCTANACCATGGCTGGACTCTTCGTCAATTGGATGTCAACAAC14.166666666666666No Hit
CTTAACTATATACTAATTTTGGAACATGAAATATATGATGAACCATTATT14.166666666666666No Hit
GAATAAGAGCATTTCCTTTACATAGCCGTAAAGGAGACAAGTACAAATCC14.166666666666666No Hit
GATTTATGTCACGACTCCTCACACTATGCTAACTGGGTTGGGTCTTGGGG14.166666666666666No Hit
GTTTTGATGAACTTAAAGCTGTTAATGGAGTGATATATGAAAAATACAAG14.166666666666666No Hit
GTGTTACGAGTTTCATAACCGAACAAACAATTTAGTCCTGACTATAGAAC14.166666666666666No Hit
GAACATATAAGTTTTTGGTGGAAAAAAGTAAATTTTTCATTTTGNCAAAA14.166666666666666No Hit
CTATGAATCAGACGGTTTACAACGGCCTCGGATATTTGGAATGACTGCAT14.166666666666666No Hit
GCAATATTTAAAATCATTTAAATTAAAAACTTTCATATTTAAAATCATTT14.166666666666666No Hit
GTCACACACATTCGTGTAATACAAGTATAAACAAAAGTTACATAATCATC14.166666666666666No Hit
GTTTACAGGCTTTCTTCCTTTCTTCAATGCTTGAGGGACTTCTTTACCGT14.166666666666666No Hit
ACAAAACCATGACCAAAATAATAATAATTTATGGGAGAAAAACAAGAAAT14.166666666666666No Hit
ATGAATGAAGTGATTGCAGATTTTGATCCAGTGATGATAGAACCCATAAG14.166666666666666No Hit
TATTATTTGTTTGCCTTTAACACAAATAAATAAATAAAATTTGACTATCG14.166666666666666No Hit
ATCTTTGATACTGCAAATGAAGTTCAAAACCGCATAAATACGATGAAAAG14.166666666666666No Hit
CACCGTCATATATATCATCATTTACACAATCATATATCGTATGCCTTGCA14.166666666666666No Hit
AGGTAAGATTAAAACTTACTGAGCTAATTTAAAACTATGACTTTGTAAAT14.166666666666666No Hit
CTTTTTTTAGGGTACTCCTGGGAACAGATCCAGTGGAGACGTGGTGGGTC14.166666666666666No Hit
TTTTTCGAACCTTGTGGTACACACACTTGACTGGAATCGATTTCCCACTC14.166666666666666No Hit
ATATAGCTCGNTTTCTCCATCCAGCTCTTCTTCTTTAGGGAAAGATGGTG14.166666666666666No Hit
GTCATAAAGATGGATGTCCAGCAGCAAATTCACTTTGAGGCTTTCTAGAT14.166666666666666No Hit
ATCTGATACCTCCAATCAACACCTCTGAAGAAAGTACCTAAAAGCTGAAC14.166666666666666No Hit
ATAATATACATCATTAATCATGTCATGTCTTTTCCCGTATTTGCCTGAAC14.166666666666666No Hit
AAGGGGAATAGGCGTAGCTNGAAGCAGTCCTCTGAGATTCCATTGATCTT14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)