FastQCFastQC Report
Tue 23 Aug 2022
HNCMMDSX3_n01_ath_048.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHNCMMDSX3_n01_ath_048.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC42

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTCCACAATTTAAGGAGATCAAATCTAAAGAGCCATGCTTGAGGAACAA14.166666666666666No Hit
CTATTACTCGACCGAACCCCATTTACAATCTCGTCTTGGCTCTGCAGTTT14.166666666666666No Hit
GCCTATGATAGTACAATACCCCTGCATCAGGTACACTTTCCTTGCGAGTT14.166666666666666No Hit
GAATAGCTTGATGCTGTATGAAATTTTCTTCTCCCTTTATTTAAATATCA14.166666666666666No Hit
GAATACAAATAAAAAAAAATAAACATAAAGATTAAAAGTACATCAACAAA14.166666666666666No Hit
TAGCTGGTGATCCGGGCTGTTTCCCTCTCGACGATGAAGCTTATCCCCCA14.166666666666666No Hit
CAATGAGATTCCCCAATATCATGCTAAGAATAGCTAGGATTTCCAGAAGA14.166666666666666No Hit
GTATGCCTGGTGCTGGTGCAGGCGGTGGAGGCATGCCAGGTGGTATGGAC14.166666666666666No Hit
GAAAAATTATCAGGTATTTGTTCTTATTCTTCATGGATCTTAGACTCAGG14.166666666666666No Hit
CAATCTCAAGATTCTAGTTGTCATAGCTAGAAATCAAAAGATTCTACAGC14.166666666666666No Hit
CGTGGAATCCCGTGTGAATCAGCAAGGACCACCTTGCAAGGCTAAATACT14.166666666666666No Hit
CCTTACACCACATATCACGTAAATTTGCCTCATAATTAAGGTAAAATAAC14.166666666666666No Hit
GTAACACAGCTGGGGCATCGGCCGATTCAGCTACCACAATAGTGTATTCC14.166666666666666No Hit
AACTCACTGCTTATATACCTGGTATTGGCCATAATTTACAAGAACATTCT14.166666666666666No Hit
ATCATGCCTAACCATCACCCTTAAAATTGGGGCGGCCGCGCCCGCGGGCC14.166666666666666No Hit
CTGATAAGGTATGGTTCAATCAATTTGGGTCAAATCTATTCCTTATTTCA14.166666666666666No Hit
CTTTGGAATCGGATAATTCTTTTTTTACATATTAAATACTTGTGGATAAC14.166666666666666No Hit
GTCTCTCGGGCCCGTTTAACTACAAATGGGAAGCTTTACGGTTCGGTTTG14.166666666666666No Hit
ACTATCCGCTGCTTGGGAGAGACTCAACAGCTGCACTATGAAGTGTCCTC14.166666666666666No Hit
TGTTTGGGCTACAGGATTTATGTTCTTGATTTCGTGGCGTGGTTATTGGC14.166666666666666No Hit
GTATAAAGATCCGACAGAGATGACAATGATAATCTAGAACGCTAGAGACC14.166666666666666No Hit
TTTGTGGAGTTTAGATGTTGGGTAAAACCTGATGCATAAAACATCACATC14.166666666666666No Hit
CTAACAAACAATTAAATAATACATTTCAAGAGAAAAATATACAAGTACAA14.166666666666666No Hit
GCACAAGTTTATTTGAAGTCGATCCAGATACAGCCTCCTTTCTATGCTCA14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)