FastQCFastQC Report
Mon 16 Mar 2020
HKVH7DRXX_n01_dpr31.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHKVH7DRXX_n01_dpr31.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences217
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length20
%GC52

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[WARN]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCCTGTGTGTTGGTGGGGTG20.9216589861751152No Hit
CCCTTGTGTGTTTGTGTGTT20.9216589861751152No Hit
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GGTGTGTGAGGTGGTTGGTG10.4608294930875576No Hit
GGTTTTTTGTGTGGTGGGTG10.4608294930875576No Hit
CCGCTGTGGGGTGTGGTGTG10.4608294930875576No Hit
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GTGTGGTGGTGTGGGGTTGT10.4608294930875576No Hit
GGTTTGTGAGTGGTGGGTGT10.4608294930875576No Hit
TTCCTGTTGTGTGTTGTGTT10.4608294930875576No Hit
GTGTGTTTGTGTGTGTGTGT10.4608294930875576No Hit
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GGTTTTGGTGGTGGGTTTGG10.4608294930875576No Hit
GTGTTGGTTTGTGTTGTGTT10.4608294930875576No Hit
GTTTTTTTCGTGTTGTTTGT10.4608294930875576No Hit
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GTGTTGTTGTGGGTGGTGTT10.4608294930875576No Hit
TTGTTGTGTTTTGTGTTTGT10.4608294930875576No Hit
GTTTTTTTCTGGGCTTGGTT10.4608294930875576No Hit
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GTTGGGTGCTTTGGTGGTTG10.4608294930875576No Hit
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AGGTTTTGGTTTTGTGTGGG10.4608294930875576No Hit
GTTGGGTTTTGTGTGTTTTT10.4608294930875576No Hit
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TGGTTGGTGTTGGGTGTGTG10.4608294930875576No Hit
TCCCTGGTTTGTGTGTGGTT10.4608294930875576No Hit
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GTGTTTTGGTTTGGTTTTTT10.4608294930875576No Hit
TGTGTTTTTTTGGGTTTTTG10.4608294930875576No Hit
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GGCTTGTGTGTGGGTGTGTT10.4608294930875576No Hit
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GGGGGGGGGGGGGTGGGTGG10.4608294930875576No Hit
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GGGGTGTGGTGTGGTGGGTG10.4608294930875576No Hit

[WARN]Adapter Content

Can't analyse adapters as read length is too short

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers