FastQCFastQC Report
Thu 11 Oct 2018
HK77CBCX2_l02_n01_MG_8724.tr3.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHK77CBCX2_l02_n01_MG_8724.tr3.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences24
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC45

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTTATAGTAAATGCCACGAGGCAGGGCTTTCACGCCTTCCTCTTTTGCT14.166666666666666No Hit
CTCCAGCCCAGGCAACAACAGCGAAACTCCATCACAAAAAAAAAAAAAAA14.166666666666666No Hit
CTCTTGACGTGGGAGGTGAGTACCTTTCTATGAAGGTGATAAGCATCCAC14.166666666666666No Hit
CCGCTCACCTCCTGCGGCAGGGCCTTGTTCCTAAAAGGCCAGGGACCGGT14.166666666666666No Hit
GATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCCTGTCCTGAACCTAAAAGTCTTAAGT14.166666666666666No Hit
TTACTATGGTATTGTTTCCTGACATCTTATTTTTTTTATCAGCATCGACT14.166666666666666No Hit
ACCCTACCTTCTCCTCACAATTAATCTAATTTTTCTATCAGGTTCCTGTC14.166666666666666No Hit
CGATATGGGTGCCCGCTTCGCCCGCGCCGAATCCGTGCCCGCCGACAGCC14.166666666666666No Hit
AGTAAGGACAGGTCTCAGTAAGACACAGGTCTTAACTTATTGATGGAATT14.166666666666666No Hit
TGCCAGCACTGCTTAAGCTTCCAGTGCATGTGATTCCAGCGCATGTTAGG14.166666666666666No Hit
CATGTGGACCTACAGATAATAGACACTGGGGACTCCAAATGGAGGAAAGG14.166666666666666No Hit
CTCTCTTCTTCCACACTGAAAATCAATGTTTTCATCAATTTATCATGTGC14.166666666666666No Hit
CCCCTCATCCGCCGCGGCCTCACAGTCAATCGGGTACGCGCCGCAGGAGC14.166666666666666No Hit
GAACGATATGCATTCCTGGCAGAGCCAGTGCCTCCGGAGGCATGGGGTGG14.166666666666666No Hit
CCTCCCACTAGGCCCCACGTCCCCACTGCCACACTGGGGATCAAATTTCA14.166666666666666No Hit
GATTGGAGAAGAGTCAACTTGGTAACCGCATCACCAACTCTAACCCTCTT14.166666666666666No Hit
TGGCCACCCAGGTTGAATGCCAGGTCCTTGGAGAGCTTGGAGACGTTGCC14.166666666666666No Hit
GATTAATAGAGTCTAAAATCACACGTGACTCATAGGCAACTACAACATTG14.166666666666666No Hit
GGTAAGCATAATGAAGTGATGGGGAGTATATATTCACATTCAGAGTATAT14.166666666666666No Hit
GTGGTAGATTTTGCGAAGAGGTCATGAGTGGAGCACATTCTGTCTCTTAT14.166666666666666No Hit
CTATTACATTACTGCCAGTGAAATAAACACTACATAAAGTATATTCTCTA14.166666666666666No Hit
GTTCTTATGAGGTGAATGATCGTGCTGAGCAGACATTGAGCAAGATTGCT14.166666666666666No Hit
GTGCGGGCCCGGGGGTGGCGGGTCGGGCGCCCAGGTCCCGGGGGTCGCGC14.166666666666666No Hit
TGATATGGTTTGGCTGTGTCCCCACCCAAATCTCATCTTGAATTCCCGTG14.166666666666666No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)