FastQCFastQC Report
Thu 20 May 2021
HHV25BGXJ_n01_S12_R1_A11-FD.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHHV25BGXJ_n01_S12_R1_A11-FD.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC41

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CACATAGCTATGTCCTGGAACAGAAGGTAATGGTGAAATTTCTCCAACTA16.666666666666667No Hit
AGATTACACTGAAGTTCGCTTTCAGTACTATGTTCTTTTCCATGATCGCC16.666666666666667No Hit
CCATTATCTATGAAAGTGGCTACATATTTATATTTTGTCTATGTTAAAAC16.666666666666667No Hit
ACAATAGAGAGGATGGTGCTTTCTGCTTTTGATGAGAGAAGAAATAAATA16.666666666666667No Hit
GTCCTACATTGTCGAAACACCTAGTTCAGACAAAGGAACGTGTTACCCAG16.666666666666667No Hit
GCACACACATGTGATTTCACTAGAATCAGGATAACAGGAGCATTCCTCAT16.666666666666667No Hit
GGGGATTCGGGGTCAGAAGAAGTGAATATGAAGAAAGGAAGCGACCATGC16.666666666666667No Hit
AGGATATTCAGACGACCTGAAGAGCACAAATAATGCAAATGAATAGATTA16.666666666666667No Hit
TGAATCTTCTCTTCATTTTCAATGTCATGTAGCTCTGCTAGCACCTGCTT16.666666666666667No Hit
ACAATTCGCTTGCCTTCTGCTTCATGGTGTGTCGTGTGATTTCCTCCACG16.666666666666667No Hit
GCGCAGACGCAGGGGGATGGCCGGCTGAAGGACAAGCCGAGTCCCGGCTG16.666666666666667No Hit
CACATATAGGAACATTTGAATCGCCACTTCGGCTGAATCAGTCCTCGAGA16.666666666666667No Hit
TCTCTACACCCAATGTGGGGCTAGAACTCACAACTGCAAGATCAGGAATC16.666666666666667No Hit
CTTTATCACTGTTACTCCAATACTCATGTCAGCTGAATCAATTACTCCAG16.666666666666667No Hit
GGTCTGAAAGATGACCTTCTTGAAAATTTGCAGGCCTACCAGAAGCGAAT16.666666666666667No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)