FastQCFastQC Report
Thu 10 Sep 2020
HHH35BGXF_n01_1793_d12.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHHH35BGXF_n01_1793_d12.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC46

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
AAAGAGTGCTTGCACTCAATCCTTCCAGCTTTTTGAAATTTCCCTTCTTA13.3333333333333335No Hit
ATTATATAGAATTACTACCTTCGGACTCCCAAAGAACCTAGAGCAATTTC13.3333333333333335No Hit
TGACCTGGGGATTATGATGTGATCTGAATGTAGACGCCTAACTGGCTGAG13.3333333333333335No Hit
CCCCCTACTCCTGCTCACACATCCACGTGGGGAACCCAGATTCTCACTCG13.3333333333333335No Hit
TTACTACACAATCAAGAGCTTCAGCCTTTAGGTGCCATTCATTGGAAAAT13.3333333333333335No Hit
ATGTTAAACTTAATCTTCAGACTAATACACCAGACGTACCTCCAACTAAT13.3333333333333335No Hit
GTTATGAAGCAGATGGACGCACAGTCACGAGATGGCTGCCATCACTCCAC13.3333333333333335No Hit
GCTCTACCCCCAGTGTGGGGCTTGAACTTACCCCCCCCAGATCAAGAGCT13.3333333333333335No Hit
ATGCTATGCTTTCACAGAGCTTTTCAGCTTGGCGCGAGCCGCACATCGCT13.3333333333333335No Hit
CTAGAACATTTTCCCCTTTCATTGGAAACACTGGACCCACTGAATAGCTC13.3333333333333335No Hit
CCTAAGGACTGAGCCCCCCACGCACCCCTCCCATGTAAATTCTTATGAGA13.3333333333333335No Hit
TCTAAATGCAGGGCATTGCTTCGAACAAGCAAGAGCTGAAAAAACATCTC13.3333333333333335No Hit
GATTCCACACGTGCCAGCCACGGGCGAGTCCGCTCTTCCCTTCAGCATGG13.3333333333333335No Hit
CTATACCTGACACTTGGCTAAAGTGTTTTACAAGTTGTTATACTAGACCT13.3333333333333335No Hit
GTGGACTGAAATGGGAAGAATTGTGTTATTAGCCGCATTTATTCTGTGGT13.3333333333333335No Hit
CTGTAGGGGAGAGCGAGTGCTATGAGACAAGCCTCAGTCCTCACTCACCT13.3333333333333335No Hit
CCTTAAGCTTGTTCTCAAAGTATTTGCTATTATAAAAAAAAATGCAACAA13.3333333333333335No Hit
AATTAGGACAGATCAATATAGGTCTGATCCCTGTGACTGTGCGTCGATCC13.3333333333333335No Hit
GTGCTTGAAGAAGGCTGTGTGGAAGGGCAGGCATCCCGAGGTGGCATTGC13.3333333333333335No Hit
CATCATAAGCAGAAATATTTAAAGAAATTTTAGGAGCTCCTGGGAGGCTC13.3333333333333335No Hit
ACTTTATATTGAGTGAAAATCTCCAAAATCAACCTGCCAAAACGTTGCCT13.3333333333333335No Hit
GTTATTTATCCTTGTTATGCATAGTAGCAGGTGCTGAGTATAGTTTTGGA13.3333333333333335No Hit
CAGCTAATACATTTTTTAAAAATTTTAATGCTGAAGTAAAAATCCCATTG13.3333333333333335No Hit
GGGACAGAGGGAGAAGATGACTCCCCACTGAGCAGGGAGCCTGACCTGGG13.3333333333333335No Hit
ACATATAAGAATGCGAATGGAAACTTACTAAGAATAACAAACACTTTATA13.3333333333333335No Hit
CCTGTGGTGACGGCCGGCTCAGGAGTCAGTGGTGGCCCGGGACCGGTCTC13.3333333333333335No Hit
GGCAGGGGAGTGGCAATTAGTGTGCACATGTTACGAAGTAACCCCAAATG13.3333333333333335No Hit
GGTTCAGTCCTCTTGAGTACGTTCCTGCACGTCCCTTCTCTCAGGAAGTG13.3333333333333335No Hit
CACGTACATAGGACACTCACACATACACCCTGAAATTACTAACAGATCCC13.3333333333333335No Hit
CATAGGGACCTATCATTAATAGAGTCATTCAAAAGAGCTCAGTAACACAA13.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)