FastQCFastQC Report
Sat 18 Aug 2018
HH2YKBGX7_n01_6afp.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameHH2YKBGX7_n01_6afp.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences30
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC43

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGGGGGAAAAAAAAAAAAAAGGAGGGAAGGGGCACCGGAGTAACAACAAG13.3333333333333335No Hit
CCGGGAGAGAAAAAAAAAAAAAAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTC13.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 27bp)
GGGGGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGAGCAAACGACAGAACTCC13.3333333333333335No Hit
CGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGCGCAAGCGACAGCACTACACTCA13.3333333333333335No Hit
GGGGAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAGAGCGGAAGAGCACACGTCTGAAC13.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 25bp)
GGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGAGAAGAGCACAACTGAAAACAAC13.3333333333333335No Hit
GGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAG13.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 30bp)
GCCGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
GGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGAAAAGAACACGTCTGAACACC13.3333333333333335No Hit
CCGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
CGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAG13.3333333333333335Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (100% over 30bp)
CCGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
GGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
CGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAC13.3333333333333335No Hit
GCGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAACGCAAGA13.3333333333333335No Hit
CGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAGAAAGAAAACAAGACTTAACACC13.3333333333333335No Hit
CGGGGGGAGACAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGAAGAGCACACGGCACAAC13.3333333333333335No Hit
AGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAC13.3333333333333335No Hit
GGGGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCCAC13.3333333333333335No Hit
CGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAAAGGAGCGGAGGACCCCCCTGATGACAAC13.3333333333333335No Hit
CCGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAGGAACACCCGACGTAAGAACAGC13.3333333333333335No Hit
CGGGGGAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGAGACACCAAAACA13.3333333333333335No Hit
GCGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
CGGGAAAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAAAAAAGAACGGAAGAACACC13.3333333333333335No Hit
CGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAAAAGGTAGGAAGAGCCGACGTAAGACCTC13.3333333333333335No Hit
GGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA13.3333333333333335No Hit
GGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAGGACCGAAGGGCCCACGTAATCAAACCC13.3333333333333335No Hit
CGGGGGAGAAAAAAAAAAAAAAAGAACGGAGGGGACCCGGACTGAAAACC13.3333333333333335No Hit
GGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGAAAACCCAC13.3333333333333335No Hit
GGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGGAATAACAC13.3333333333333335No Hit

[WARN]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.2)