FastQCFastQC Report
Wed 4 Mar 2020
H3T5LAFX2_n02_Col_16Y_16x_YQ_o.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH3T5LAFX2_n02_Col_16Y_16x_YQ_o.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC41

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GGAGATGTTATCTTGTAGAGATAGGAAAACTACTAAGGCTGTTGTTGGAA11.3333333333333335No Hit
CCGGTAGACTAGGAATGTAAGATATGCAGAAGAGGCGGGGCCGAAGGGGC11.3333333333333335No Hit
GAGAGATCCTAAGAAAATACTCGATCTTGAAACTGTACAAGTTGTGTTCG11.3333333333333335No Hit
ACCTCAAAGATGACAAATAAACGACTATACAATATCTCAACTATATTAAA11.3333333333333335No Hit
TTACATTAAATTTACAAATTTAATAATCACATCAACCTTTCAATATAGAA11.3333333333333335No Hit
GTATTTAATATCTTTTATTAGCCAAAGGAAAGTAGATTCGGTCTCTGTGA11.3333333333333335No Hit
AAAACATTCATGGAGTAATTTAAGAACATATTCAAGAACACATCAGTGAA11.3333333333333335No Hit
CATGTATCCATACTAATTAATATGTATGTTATTGAAAAATTATCGATTAT11.3333333333333335No Hit
AAGATATATGCACAGTCTCAAACCGATGACCAAGAAGAACGCATTAGCGG11.3333333333333335No Hit
AGATAGTATCACAATCATCCTTTGATGATGCTGGACGGAAGCTGGACGAT11.3333333333333335No Hit
GGAGTGAGGGGGGGGGGGGGCTGGCGCAAGACGCGATGGGCGGGCGGGCG11.3333333333333335No Hit
CAAACGTAGGCAAAACTTAAGGGTAGAGAATAGAACCTCGCGATCCAGGG11.3333333333333335No Hit
GGATCGTATGATATATAGATATAGTGAGTAATAACATATTTCACTTATCG11.3333333333333335No Hit
TGACAATATATTTTAACATAGGAAAGATAATAAATTCTATAATCTAGATA11.3333333333333335No Hit
TTTATTTTAAAATTTAATAAATACAATTAAAAAATACCTAAAGTAAGAGA11.3333333333333335No Hit
GAGCGCTGGGGGGGGGAGGGGGGAGGGGGGGGGTCGAGGGGGGGTGGCCG11.3333333333333335No Hit
GGATGTTATGAATCACTTATATAAAGAAGGAGTGAGGGTTCCCTATTCGG11.3333333333333335No Hit
AATGCAGAGAGGAAAAAAAAATCAACAATCAGAGAATTGTATGGAGGTTT11.3333333333333335No Hit
GTGCGTAAGCGGGGGGGTGGGGGGGGCGAGGGAGGGGCGGGGGCGACGGG11.3333333333333335No Hit
GTGAGCTTAAAACGGTTAAAGAAGATAAAATCACAGTCGAATCGGATTCG11.3333333333333335No Hit
GATCCGACCGTAATATTGACCTTCAACAAAAACACTACATTAATCTTCCT11.3333333333333335No Hit
GGATCGTCAGCCAAAGAAGTCATAACATGATAAAATACAAAAAACAAAAG11.3333333333333335No Hit
GGCAGATAGCTGTATCTGAGCTAGCAATGCTGAAATCAGGTTGCTAACCG11.3333333333333335No Hit
CTATACTAGGGGATTTCACTTGGAAAAGAAAATGTTCCATACTAATGGAT11.3333333333333335No Hit
AAGTTGGGTGGTGAAGAATTACAAAAAAGTTGGAGTCTAATTAGAGGGTA11.3333333333333335No Hit
AAAAGGTTAAACATAAAAGAGGGATGCAACAAGAGGAATTAAAGGGAGGT11.3333333333333335No Hit
GAATCTTATGGGAATCACTTGTACCTTCTCCTCCAATATACCTGTCTGAC11.3333333333333335No Hit
GTATGTGTCTTTCTTCAAAAAAAAAACGAATAATATATTTATAGGTCAAT11.3333333333333335No Hit
ACTGGATCTGCGGGCAGGGAGCGCGTTCTTGTGGGTGTGGGGGGGTGGGG11.3333333333333335No Hit
CCTCCCAAGTTTATATTATAAAAATTCAAATTAAATAGTAGAAAAATGAA11.3333333333333335No Hit
AGTGAGTTACTGTTCTATGGAGAAAGGAAGATTCGAACAGAGCTTCTTTT11.3333333333333335No Hit
ACAGTCCACTTCCTTACCAATATCCCTCAAGGCAAATCCCGAATTGGATC11.3333333333333335No Hit
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGNNNNNNNNNNNNNTGGGGNNNNNNNNGC11.3333333333333335No Hit
ATATCAAAAATACACACGTATAGCGTGGGTACAAAACCTAGTTACAAATA11.3333333333333335No Hit
TCATCAACTTTTCACAAAAGACAGAGTAACTCCTAAATCAGCAAATCAGA11.3333333333333335No Hit
GGCGNGNNANNNNNNNNNNCNCNNNNCNNNNNNNNNNNNNNNNNNTNNNN11.3333333333333335No Hit
GGGGAGCGGCGGGCGAGGCGAGGCGGCGGGTGGGGGGGGTAAGGGGGGGG11.3333333333333335No Hit
ATATCGAACATTTACACAAGCGTGGCGCGCAAATACCACATCGTCACCGC11.3333333333333335No Hit
GGCACGAATGATAGGGAGTTCTCTTCCGTCAGCAAGAGATAGGAAAAAGG11.3333333333333335No Hit
AGTGTATTTATATATGTAAAATTTCTATTATTTTGATGAATTACTTATTT11.3333333333333335No Hit
GAATTAGCAACATCAATGTCTCCTAGCATATTATGGATTCCAAACATTCA11.3333333333333335No Hit
AGCCAAAGACCATATTAGTCATTGTCTTTTTGACTTATAACAAGTATACA11.3333333333333335No Hit
GTAACGGTGACAGATGGTGAAGAGGAGTGGGCGGCTATATCTTACTCTTG11.3333333333333335No Hit
CTAGATCTTAAACTCAATCAAACACATTACATCTAGTCATATTTGACTCC11.3333333333333335No Hit
AACTCAATATAGATTAGTTAGAAATGCATTTCTAATGATTTTCTTAATAT11.3333333333333335No Hit
CCCATAGCCCTGCTCGTAGTAACCAACATCCAAAACGTTAATTTTAGAAA11.3333333333333335No Hit
ATAGCAGTGGGGGGGGTGGAGGGTGAATGGGCAATGGTCGGGGATGTAGT11.3333333333333335No Hit
AACTAAATATCCGCTCGTTTCAGAATCGTAAGAGGCCACAAGAATTGGGG11.3333333333333335No Hit
CCGATCTTAAAAGCCTAAGTAGTGTTTCCTTATTAGAAGATACAAAGCCA11.3333333333333335No Hit
TTTACTGGTTAAGATTCATTGCAGCTGTCACAAGGCTCCGGGTGCCAAGT11.3333333333333335No Hit
ACCAAAATAATAAAAATAATATTACCTATACCATTATATCGAATATCCAA11.3333333333333335No Hit
AGAACGATAGAACACATAATATGAAATATTTCAAGAAACAAGCAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
ATTCTAGTCGCTGGTGGCATAAGCAGGGTCGCCGGAAAAGCACAGCTTCT11.3333333333333335No Hit
TGTAGAATTGTTAATCTTTGATTATGGTTATTGGTAGAGCAAGAGTAATT11.3333333333333335No Hit
CTCGTCGGTTTTTTTTTTTTTTTTTAATAATTAAAAAAAAAAAGAATATT11.3333333333333335No Hit
GGGGTCAGGCCGGCGCGTCGGGGGCGCGGGGGGGGGGCGGGGGGGCGCGG11.3333333333333335No Hit
ATAATAGAAGGATAGATTATTTTCACGTAGTTTAAACAATTGTAATAGAG11.3333333333333335No Hit
ACAGCCGAGTGGGGGAATTAGAGAATTTCACATGGAAATAGCGATACATT11.3333333333333335No Hit
TGAGCCAGGGTCGATATTTGAATATATAGCTATTTGCCCAACAACATTTT11.3333333333333335No Hit
AACCCATAAAATAACATAGAATATATTAATATCATGTTCCAGAGTTGATT11.3333333333333335No Hit
ATGAGCGAGTGCGTGTGTCTGCGTCCTAGATAAAGGACCAACGGACTATC11.3333333333333335No Hit
AACAAAGGAAAAATTAGAACGTGCATAAGATAGTGGATACGGTCAAGAGG11.3333333333333335No Hit
ATGCGGCGTACAAAAAGTTCACGCCCTTCTTTATTTCTAAAGACGCGGTG11.3333333333333335No Hit
GTATCTTATTCAGATTAGTATGAGTTAGTCTGATACTGATTCGCTCGCTC11.3333333333333335No Hit
GGATCGTATTTCCATAAAGAAACTTCTCAGCTTAAGAACAACGCAAGAAT11.3333333333333335No Hit
ATGTGTTCTCGCAGTTTTCTGTACAAAATCATGACTCTAAAATATAATGC11.3333333333333335No Hit
AACGACTGAAGAGTGGAACAGCAAAAGAAGGTCACACTCCTTATGAGAGC11.3333333333333335No Hit
GGAAGGGAGGTTGGTAGGAGGCGGGGGGGGCTCGAGAGGTGGGGTGGAGG11.3333333333333335No Hit
TGAAACTGAACCAAGTAATCACGCTGGAATAGTATATAATATATAGATAT11.3333333333333335No Hit
TATAAAGAAAATCAAAACATCAACTATAATATTCCAAATCTCAATTCATT11.3333333333333335No Hit
AAGCGTGATATTAGTTCTGGGAATGTTGCCTTGGTGATTTGGGCGCGGGC11.3333333333333335No Hit
AAGGAAAGTTCAGAAAAAAATAAAAAAAAATAACAAGAGAATTATTTTTT11.3333333333333335No Hit
GAGAGAAGGGGAGGGGAGAAGGGGGGGGGTAGGTGAGATAGGGGCGGGCG11.3333333333333335No Hit
AAATCATAATAATTATTATAACCACCTCATTTTTGTTAATGTAAGAGTTA11.3333333333333335No Hit
ATGTAAAGAGTGAAGACTGGGAAAAGTAGATATTTTGAATTTTTTTTAGA11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TTATGGT50.070.022
GGAGATC50.070.053
GTAGAGC50.070.034
GTAGAAT50.070.02
CAAGAGT50.070.040
TGGTTAT50.070.025
TTGTTAA50.070.08
AATCTTT50.070.013
ATCTTTG50.070.014
GCAAGAG50.070.039
TGGTAGA50.070.032
AAGAGTA50.070.041
ATTGGTA50.070.030
TGATCGG50.070.064
TTATTGG50.070.028
ATGGTTA50.070.024
TGATTAT50.070.019
GATCGGA50.070.065
AATTAAG50.070.047
GATCGAG50.070.056
Produced by FastQC (version 0.11.5)