FastQCFastQC Report
Wed 4 Mar 2020
H3T5LAFX2_n01_Col_16Y_16x_YQ_o.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH3T5LAFX2_n01_Col_16Y_16x_YQ_o.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length76
%GC37

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CCCAATCACTCTCAACCACATCAACATTGAAATTAAGCCTCTTCTGCTGG11.3333333333333335No Hit
CAAATGACACAATCACCCCTCCAGTACAAACTCCGGTTCAATCGCCGCCG11.3333333333333335No Hit
GTGACCTCCCGGGAAGTGCTCGTGTTGCATACCTGTTTTATGTTTAACCT11.3333333333333335No Hit
TGAGAAGCAATTAAATGCTTGGTTCGTGTTTTGGAGTCAAATATGACTAG11.3333333333333335No Hit
TATATAAGGAACCCATTCCAATTTAAACCTCACAAAAGTGAGTAACATGT11.3333333333333335No Hit
TGATCTTCAGACAAAAGCATGACCATTTTTTGCTAAAATACGTTTATTAA11.3333333333333335No Hit
TGAGAAGTATTTACAAAACACATTAATATTCAATATTATCTATAGGTATA11.3333333333333335No Hit
CGGCCTGCAAAAATGAAGATTCCAAAACAACAAAGAATAAAATACAGTCT11.3333333333333335No Hit
TACCACTAAACTATACCCGCTACAATGCAATTATTGCATATAAATTAACC11.3333333333333335No Hit
GCCTCATTGGTAAGTGCTACAAGATCTCGTGCACTGGAACCCATGGTTAT11.3333333333333335No Hit
AGCTTACAGAATTTATGATCTTTCCTATGGAAAAAAATAGTTTCAAGATC11.3333333333333335No Hit
AGTGTCAATAATCTCATCAAGTTCATCAGACTTTGAAGAAGAAGCTCTCA11.3333333333333335No Hit
GAAGCATTTTTAGGTCAATCAATTCCTTGAGAACTTTTTCTGCTACATCC11.3333333333333335No Hit
GTGTGTGTAGTGGGAATTTTGCCCGCACCCGCGCGCGCGAATAAGAATAA11.3333333333333335No Hit
CTTATTTGCTTTCTCTAAGATATTAATGTAAAACCTTCTTTTACATTATC11.3333333333333335No Hit
GCATGCTGCAAAAGTGATTTACTCTGTCCCAAGACTGAACTTCAACTTGT11.3333333333333335No Hit
AGTTGATGAGGAATCGATGCTCGGTGATGATGAGGTCTGCCCTCGCAACG11.3333333333333335No Hit
GTGAGGTGTATTATTAGCTAGTACAGTGAACACCAAATCAACACAATAAT11.3333333333333335No Hit
TGCGCTGGTGGGGCACAAGGGGAGATGGTCCTAGGAGCGTGGACACGCTC11.3333333333333335No Hit
TCTACAAGTTACTCTCTGATCTCTCTAATATTTTAAAACACCTAAAATCT11.3333333333333335No Hit
AAGTAACAAGAAAAAAAAAAACTAAAACACAAATAATACCATATTGAAAA11.3333333333333335No Hit
GGCGCGGGTGGGTCGTTGGGCCGCGGCTCGGCATCGAGCGGTCCAATTGG11.3333333333333335No Hit
ACCGCATAGGAAGAGCACACGTCTGACCTCCAGTCACCTGAAGCTAGATC11.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 12 (96% over 31bp)
TTATAAACCATTCAAAATAATTAGATTCGCCCACATATTTAATCTTTGTA11.3333333333333335No Hit
GAGACCACCAAACCCCATAATTTCCAAATGGTGGACTTGAGAGAGCCCGT11.3333333333333335No Hit
GTGAGGTATGCGCATAATACACCTCCTGATGTTTGCACAATCCACCAAGC11.3333333333333335No Hit
CATAACGAGTGTGACCGTCTTTTGCAGTTCCACTCTTCAGTGGTTAGATC11.3333333333333335No Hit
TTCTCGTTAATCTGTATGCTTCTCTTGTCAGCCTTTATAGGGTTTCATTT11.3333333333333335No Hit
TAATTATTCAAATACAGTTTTCGTATATTTTGATGAAGGAAGAGAAGTCC11.3333333333333335No Hit
GCATCGTACAAAAAGGGAATTAATTATAAGTTAAAATTTCATAATTCTAA11.3333333333333335No Hit
TGATTCTTAAATAACTATATAAAAAAAAAAAAATTGGAATATAAATCAAC11.3333333333333335No Hit
TTTTTGCCGCCGGTGCTCTTGCCGGAGCCGCCGCTAATACTGTTTCTGCA11.3333333333333335No Hit
ACCTCAACTCTAAAGTGTAAATTAAACTCAAGACGAATAAAAGTAAAGAT11.3333333333333335No Hit
CACAAATATTAACCAGAACCATATGAAAACGATGATACGAAATTATTCAA11.3333333333333335No Hit
CAAACGTAGGAAAAGACTCTTTATACTTTCTTTTCATTATTCTAAGCCCC11.3333333333333335No Hit
ATTGGAGCAACATTACCGATTGATAAATCTCTAACTTTAGGTCTTTTTTA11.3333333333333335No Hit
GGGAGTAATAAGTAATCATGCACAATAACTCTATCACAAATCAGTTGCCC11.3333333333333335No Hit
TCAAGATCTAGTTAATTACTCTAGATCTACCATTACGCATTATCAAAGAT11.3333333333333335No Hit
TCCACGACCACGAGCACTTCCCCGGCGACCACCCCTAAACAACCGGCGAC11.3333333333333335No Hit
ACCCGAGTTTCATGGCTCGCCGGTGGTCTGCGGATGGCCATGCACACCAC11.3333333333333335No Hit
ACGGCATGTCGGAGGCAATTCTACTTCTTCAAAAAATAAATGTTCAATGG11.3333333333333335No Hit
ATAAAAAGAGCATTATATTTTAGAGTCATGATTTTGTACAGAAAACTGCG11.3333333333333335No Hit
ATAAAAAAAAAATCGTCCACCAAAAAGAAAAAGAAAGAAACGTAAAAATA11.3333333333333335No Hit
AAACCAGTACTACTGAAGAAGCAAACTACTCTATAAATATAAAAGAATAG11.3333333333333335No Hit
GATATCAAGAAAAGCTACTGGATGGAGCATTCAAGTGAATTCACTGTTGA11.3333333333333335No Hit
AGTACAAACCAGAACCATTAACTATTGACTGTAAATTCATGACCTTTTTT11.3333333333333335No Hit
AATCATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTATAGATCCTAAGACAACCCC11.3333333333333335No Hit
GATTCCAACGATAATACAAGGAAAACAGCCTCCGGAAACTAGAATAAAAC11.3333333333333335No Hit
GGATCGTCCAGCTTCCGTCCCGCATCCGCTAAGGATGATGGTGAGACTAA11.3333333333333335No Hit
GGTCCTATTCGACTCCAAAACACTATCCAACCGTCTTCTTACTTCTGAAA11.3333333333333335No Hit
AGTTAGTGCTGGACTGGCTGAAAATCAAAGTTTATCAGAAGCTTGGGCGA11.3333333333333335No Hit
GACTCGTAATAATTTATGACGAGTTAGTATAAGCAAACTTACATTTCTTG11.3333333333333335No Hit
GGATCGTACTATAATTCAGACCAATGGGCTTCAAATTCTGTCAACGATCC11.3333333333333335No Hit
GGATCGTGAGTCACAATCATACACAATACATAAACTCATACAGGCCTGCA11.3333333333333335No Hit
AGTCGAATATGACGTGATGTCATGTGTATGATTGAGTATAATAACTTAAA11.3333333333333335No Hit
CAGCCTTTCTTCTTTTATTACTTACTCTTAATGGACGACACATTACCAGC11.3333333333333335No Hit
ACCACATTGTTTTTATAAGTAATAAAATTATTTCTTACAAAAATATCAAT11.3333333333333335No Hit
ATGTATAGAAAAAGAGGGTTTTTTCGTAGAGGAGAAGTTTGTTCGTTCGT11.3333333333333335No Hit
TGTGGCATGCATCCTTGTGCCAGCACATGTCACACGGAGCCTTGTGACAG11.3333333333333335No Hit
CAATGCAAAAAGAAGCTCACTGAATCAATTCTTCGAACACAACCTCAACA11.3333333333333335No Hit
GGATCGTCGTTTAGGCATTGTGTGATTTTAGGGTTGTTTTTTAGTGTGTG11.3333333333333335No Hit
ATATTGATTACATCATAGAAGAGTAGAGAAAATCTACACAATTACCATTT11.3333333333333335No Hit
CTAACTTTATGGATAATCCATGATCAACTTCCTATCGTAGTACCCTACAC11.3333333333333335No Hit
TTCATGGTGTAACTTAAGTTTGTCGGTCCTAAAGAATTTCAAAGTGCAAA11.3333333333333335No Hit
TTTGAATTTTTTATTTATCATGCAAACACAAATTGTGTTTGAAAGTTTTA11.3333333333333335No Hit
GGATCGTTATCACAAAAATAATAAATAAACCAAAAACAAATTTTTATATT11.3333333333333335No Hit
CGATCGTCCAGCTTCATAAAATAGCATATCTCGAAGAGAAAACGGTAGTC11.3333333333333335No Hit
GTGAGGTCTCACTCTCTTTCTTTACGTTTATATAAGTGAATATCATCTTT11.3333333333333335No Hit
TAATATTTGTTATTTAAGGACTCCCTGTCTCCATCTAAGACTTTAGCATA11.3333333333333335No Hit
ATAGCCTCCCGCAATCTGGGGAACCGTCATAAACACTCATTACATTCCGC11.3333333333333335No Hit
GGCGCTCGGCGACCCGCCCAAGCACGAACGCCAGATTCTTTCAGAAAATG11.3333333333333335No Hit
GTCGAAGCAATAACAAGAATATTTCTAGTGGAACATCTTTCACATTCCCT11.3333333333333335No Hit
AAATATAATCTTAATTAAAAAATTACTATTTAAATTATAAGAAACAGTTA11.3333333333333335No Hit
TATTATATTAAAACCCTAGTTTCCGCTCAACTAATCCAAGACAAGAAGAT11.3333333333333335No Hit
ACCGCATTATTTTGATTAGATCGTCGAACGGTGCTACTGGCTCACCATTG11.3333333333333335No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
CTACACC50.070.059
CAAGATC50.070.02
TCTAGTT50.070.07
TCAAGAT50.070.01
TCTAGAT50.070.020
TTACTCT50.070.016
ACCATTA50.070.029
ACGCATT50.070.035
ACCATCG50.070.063
ATCTAGT50.070.06
ATCTACC50.070.025
TTATCAA50.070.040
AATTACT50.070.014
ACACCAT50.070.061
ATGAAGA50.070.049
ACTCTAG50.070.018
GAAGAGC50.070.070
TCGGAAG50.070.067
GAAGAAT50.070.051
TCTACCA50.070.026