FastQCFastQC Report
Thu 20 Feb 2020
H2JHGAFX2_n01_1728_tninsertions.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH2JHGAFX2_n01_1728_tninsertions.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences15
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC45

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
TCGTGCTTCATAAGTAGCAAGTGGTTTTTGAGTCTCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
ACATGGTTCATAAGTAGCAAGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
CGGGCCCTCATAAGTAGCCTGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCTCTT16.666666666666667No Hit
TTCGCGTTCATAAGTAGCAAGTGGCGGATTAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
GGGCTACTCATAAGTAGCAAGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
AATTATGTTGAACACTTTGGTTTGTCTATTCGAGCAATGTTGCTTTACTG16.666666666666667No Hit
GGTTATTTCATAAGTAGCTAGTGGCGCATAAGTATCTAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
TAAATACTCATAAGTAGCAAGTGGCGATTCAGTCGCAAAAGCAGCCAAAA16.666666666666667No Hit
TTAAAGGTCATAAGTAGCCAGTGGCGGATTAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
TTGTAGGTCATAAGTAGCAACTGCATCTTCAGTATCAAAATCAGCCACTT16.666666666666667No Hit
GGGGGGGGACCCCGGGGCCCTGTTCTCTCGTCGACGGCACCCCTCACTCT16.666666666666667No Hit
TGAACGTTCATCAGTAGCAAGTGGAGTTCCCTCTAGAAGACTCAGATTAA16.666666666666667No Hit
GTCAACGTCATAAGTAGCAAGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
TCCCACTTCAGAAGTAGCAAGTGGCGCATAAGTATCAAAATAAGCCACTT16.666666666666667No Hit
TTTTAAATCATAAGTAGCAAGTCGTCTTAGAGTCTCGCACGCAGCCACTT16.666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[OK]Kmer Content

No overrepresented Kmers

Produced by FastQC (version 0.11.5)