FastQCFastQC Report
Wed 6 May 2015
H23V3BCXX l01n01 kb2_2_86.3410000000a4e1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23V3BCXX l01n01 kb2_2_86.3410000000a4e1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC41

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GATATTACCACAAAACAAAAGATAACCAAACAAACAAACAACAATCTCTGG11.6666666666666667No Hit
TCAAGGTATTTCTCTGGGATCACTGGCTTGATCACATGCTCCTTAAGATCT11.6666666666666667No Hit
GTTGTAGCTCTCGCAGTCAAGCTCCCTTATACCTTTACACTCTGCGAATGA11.6666666666666667No Hit
GGATTTATAAAAAGTACTGGATATCTTTGGGTAGTAATCCATACCTGTCTC11.6666666666666667No Hit
GTATGATTACCTGTACTATCAACAGTTTCCGAAGAAACTATTGTACTACTG11.6666666666666667No Hit
CTCCAAAGTTAGGGGATTAAGAGCTTTTTCATTGTGTGTGTCTGTCTCTTA11.6666666666666667No Hit
TGGCGAAACTTTCAAGCCCGAGAAGAAGAGATCGAGAGAAAGACTGTCTCT11.6666666666666667No Hit
GATTAATATGTCTCTGAGGGAATTTGATGCGAGGAATCCTCTTCAAACCGT11.6666666666666667No Hit
ATGTAGCTCCTCTCCGTGCCTATTACTTTTCAAAAGACGAGAAGCTACTCG11.6666666666666667No Hit
GGTTAAGGTTCATCCAGAGGGGAAGCATGTCTGTCTCTTATACACATCTCC11.6666666666666667No Hit
GAAGAGAGCGAGGCCTGGCTCTCCTCAATTAACTTGGCTATTTGTAAGGCT11.6666666666666667No Hit
TAAGAGAAGTTTCAAAACTGAGCAGAGTACCAACTGTCTCTTATACACATC11.6666666666666667No Hit
CTATACTCTGAACATGTTCCTTTTACAGGTATAAAAAGGCCTGTCTCTTAT11.6666666666666667No Hit
GATGGGAAAGATCCTAAAGATATTCAACAGGAGATTCAAGATGGTGAAGTT11.6666666666666667No Hit
CGCTATTGAAGAAGAACTGGCAAAATGTCAGGTGTTTGTACCTCAAGAGCA11.6666666666666667No Hit
ATACCAAACTTTATGCTCCAAGGAGGCGATTTTACACATGGAAATGGAATG11.6666666666666667No Hit
CCCTAAGAGTCCTCAACGCATCAATCCTATTCTCAAACACATTGTGGATCT11.6666666666666667No Hit
CCGAAAGAGACGTTGGAGAGAGTTTGAGGAGGAGAAAAATCGACGGCGGCG11.6666666666666667No Hit
CTCTAAGATGATAAGAACATACAGCAACATTAATTAATAATCTGTCTCTTA11.6666666666666667No Hit
TACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAACTGTCTCTTATACA11.6666666666666667No Hit
GCGAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGT11.6666666666666667No Hit
TCCCAAGCGTATCTTTTATCCGTTAATCAATTGTTTTTCCATACAAAACCA11.6666666666666667No Hit
TGGTTACACACATCTGAGTGCTGGAGATCTTCTTAGAGCTGAGATTAAATC11.6666666666666667No Hit
AACGATGTATAAACAATATCCAGAGTTGATGAAATCACAAGAAAACATGTT11.6666666666666667No Hit
AGTAGCAAATATTCAAATGAGAACTTTGAAGGCCGAAGAGGGGAAACTGTC11.6666666666666667No Hit
CCTGGTGGTGAAGGCGAGGACGAGCACGATGTTGTCTGGCTGTCTCTTATA11.6666666666666667No Hit
ATCAAGAAGACTACTCAAGCTCTAGTCTTTGGTATCTATGATCTGTCTCTT11.6666666666666667No Hit
GTACTAAATATGGTGTTAGTGGATACCCAACCATTCAGTGGTTTCCTAAAG11.6666666666666667No Hit
ACCAAACACTCCTCTAAATCTCCTCAAACTAGTTTTAGTCTCTTGAGGTAT11.6666666666666667No Hit
GGGAACGGCTCTCTCGGGAGCTTTCCCCGGGCGTCGAACAGTCAGCTCAGA11.6666666666666667No Hit
CCCTTAATAACGACTGAAGTAACTCCTTTATCAACACAGAAGTAAGTCCCA11.6666666666666667No Hit
CCTGAAGACGGTTCAGCCGTCGCTGCGGCACCGGTGGTTGTTCCTCCTCCT11.6666666666666667No Hit
CACAAAGAACAAACACTTGTTTTTGCGGTTTCTAACGATGAATCTGAAGAC11.6666666666666667No Hit
CTAAAAAGAGTTGTTGAATCACACAAAAACAAAAGAAGAAGAAAGAAACAG11.6666666666666667No Hit
TCTTCTTGGTGATGTGGTTTGTGTTTTATGAGAGGTTTAATAAAAGTGGAA11.6666666666666667No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTACTTGCTATCTCGTATGCCGTC11.6666666666666667RNA PCR Primer, Index 38 (95% over 21bp)
TTATACTCCTTGGCAGTGAAGACAGTGAGGGAACCCTGTCTCTTATACACA11.6666666666666667No Hit
CCATATTTTGAATGATGAAGAAGGCTACAAAAGAAGAAACTTAGTTCTGTC11.6666666666666667No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGATTTCATTAGAAAATTTTTGGGAATAACGTA11.6666666666666667No Hit
CATGCACGCCGTGCATATGAGTTGTATGAGAAGGATGGGAACCTGTCTCTT11.6666666666666667No Hit
GTCTGAGTAAACCGGCAAGCGTAGCTAGCTGAACCGTGTTCGAATTTGACG11.6666666666666667No Hit
CTCGAAGAACTAATATCATCAAGTTAAACAGTTTCCTTTGCTGTCTCTTAT11.6666666666666667No Hit
AAATATATCCAGGAAGATGACAAACGTCACAATTCCTGTCTCTTATACACA11.6666666666666667No Hit
TTCCACCACTGAGCACAATGTTACTGTCCAGATCCTTCCTGATATCCACAT11.6666666666666667No Hit
CTTTCCAAATTCTCTCTTTTGGTTGCCATTTCAGCATCAGCTCTCCTCTGT11.6666666666666667No Hit
GATTAAGGTTTTTCAGACAATCAAGAGTCTCCAAGATGATTTTCTGTCTCT11.6666666666666667No Hit
CAATAAGCTTGATTCAGTTGGCTTCTTCTTCTTTTTCTTCATTCCAGTAAA11.6666666666666667No Hit
AGCCTAAGCTCTCTGTCAACAAGTCTATCCTCAAGAAGGAATTCCCCAGGA11.6666666666666667No Hit
GCCCAGCAGATGACATGGATTGTCTGTCATCTGCCTGTCTCTTATACACAT11.6666666666666667No Hit
GCTTTAGATTATCCTTGAAAACTTCGAACCTAAGAAACTTCTCTTCAACTG11.6666666666666667No Hit
ATAACAAATTTTTGCATGAAGATTTTGGAGGTTCACTCATTAGTCATGACT11.6666666666666667No Hit
ATATAGTAGTATAGCACAAAACAGTTTGTGGTTACAAAAACACGATGACAA11.6666666666666667No Hit
CAGATAGGGTTTCTCCTATCCGCTTTTGCTTTCAATCTCACCCATTTGTTT11.6666666666666667No Hit
GTAGTACACTAATAATCAAATGGAATGAGAAATGAAGCCACAAAAGTATCT11.6666666666666667No Hit
TTATGCTAATTTGCATACTGACCAAGAACGTGATTACTTCATGCAGCGTTA11.6666666666666667No Hit
GTATTATTGCACATAGTTGTTACAAGACTTCCGTTGATAAATCAAAAGAGA11.6666666666666667No Hit
GTGAATCGGTCCCTAAGGAACCCCCGAAAGGGCTGCCGCTGTCTCTTATAC11.6666666666666667No Hit
TCCTTAAGGAGAAGATGCAAGAAAACAACCTTTCCTTTCCATCACTCTACA11.6666666666666667No Hit
CCTTAATATTATCAACTCCGTTTTGTTCAGCTACTATATTACCTGTCTCTT11.6666666666666667No Hit
CTTCATGGGGTAACACCTCTCTCGTCTCCGCAGATCCAGAGATCCACGACC11.6666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TGTTGTC50.045.030
TTGTCTG50.045.032
GGTGAAG50.045.07
GAGGACG50.045.016
AGGACGA50.045.017
TGTCTGG50.045.033
TGTCTCT50.045.041
TCTGGCT50.045.035
GATGTTG50.045.028
CTCTTAT50.045.044
GGCTGTC50.045.038
CACGATG50.045.025
GGCGAGG50.045.013
GTCTGGC50.045.034
AGGCGAG50.045.012
CTGGCTG50.045.036
CGAGGAC50.045.015
CTGGTGG50.045.02
GAGCACG50.045.022
GCTGTCT50.045.039