FastQCFastQC Report
Thu 9 Apr 2015
H23NVBCXX l02n01 12h_6.34100000006ec9.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23NVBCXX l02n01 12h_6.34100000006ec9.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTTGCTGGAATCTCGTATGCCGTC88.333333333333332No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAACATAATATCTCGTATGCCGTC55.208333333333334No Hit
ATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTTGCTGGAATCTCGTATGCCGTCTTC22.083333333333333Illumina PCR Primer Index 8 (95% over 23bp)
CTCTATGACCCCTATCACCTGCAGCCCAGTCTTCTTACAGAAGGTCAGCTC11.0416666666666665No Hit
GTCCACCCACAGCATAGAGAAAACCTCCAAGGACTGCCACACCAACGCTTG11.0416666666666665No Hit
ACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCGCAAAAAAAAAAAAAGGTCTCTTGGGT11.0416666666666665No Hit
GGTTACCACCACTCGTGTACACAGTCACCGAATCCCCTTTGTGAACATACA11.0416666666666665No Hit
CTTTGATGCAGGGGCCTCACCTGGCCTTAGGGAAATGAGCTGAGGTCAGGC11.0416666666666665No Hit
AACTGAAGAGCAGTAATTCACTTCAACTGTCTATGGCCACAGCCACACTGG11.0416666666666665No Hit
CTGCTGGAAGGAACGTCACGCTCCCACCCCCATCAGCCTGTCCAGACTCCT11.0416666666666665No Hit
GAACTCGGCAAACAAGAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCACATAATATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 44 (95% over 21bp)
CTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTTCAGTGTACTTACATATCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
GAAGAGAAGAGTTGTGTGTTGAGGCTAAGTTGGTGGGTTGGGTTGGCTTCT11.0416666666666665No Hit
GTGCTGTGCGGCCCAAAGTCCTTATGAGACTGTCTAAGACACAGAAGCACG11.0416666666666665No Hit
CCACAGATGAATGGATAAAGAAGATGTGGGAACAGAGAAAGACAAATACTA11.0416666666666665No Hit
CTTCTGGCGAGCGAGCAGTTCGCCCAGGGTCTTCCTCGTCCAACGCGGCTT11.0416666666666665No Hit
CAACTTTTGATTTTTCTGGAGGGACATACCACTATATCAAATAAGCTTGAC11.0416666666666665No Hit
TTTTTTGACTTTCCTTTTATCCTCTTTTATAGGGACCTCAATTACATAGTA11.0416666666666665No Hit
GATACCACTGCTTCCCAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCAAGTA11.0416666666666665No Hit
ATTTCTAGGTCTTTCAGAGCCTGTTCTGTCGTCATATAGCTAGGAATTACC11.0416666666666665No Hit
GTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTCAAGAACTGGTATCAACG11.0416666666666665No Hit
CTCTTGTCTGGGCCTCCAGCTCATTCAACCTCTGGATTCGGGGCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
GAATAGAAGAGGAGGACAGCAATTGTCTAAGAAAAGATTATACGAAATTGC11.0416666666666665No Hit
TCCCTGCATTCAATCTCCAACAATTCAATAAATGAAGATGTGTGCAGAAAG11.0416666666666665No Hit
TTGTTAAACTTTGCCTGAATGTCCAGGTTGTGACATCTGTCCGGAAAGATT11.0416666666666665No Hit
CAAAGTGGGGGTCCAAGTGGGGTGCTCCTAGCTTCTCCCCATGGGCCTTGT11.0416666666666665No Hit
GTTCTATAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAATAA11.0416666666666665No Hit
GTCCAACTATTTTACCTAGACTGTCTTTTTGTTTTTTGTTTTTCAAGACCT11.0416666666666665No Hit
GAAGGTGGTTGTTTCACAAACAAAAAAGGCTGCAGTTCCCACACCAGCTAA11.0416666666666665No Hit
ACTCTATGTTGTGATACAAAGAAACAAGGTATGCCATCTGCAAAGAAGAAA11.0416666666666665No Hit
CTATAGTGGTCATTTCTAAATTTTCCACCTTTTTCAGTTTTCCTCGCCATA11.0416666666666665No Hit
GCCAGGCATGGTGGCAAATGCCTGTAATCCCAGCTGTTCAGGAGGCTGAGA11.0416666666666665No Hit
GCCTTCACACAGGTTAACTCGGAAGACAAGGGTGCTCTGGCTAAGCTGGTG11.0416666666666665No Hit
GTATAGTCCTGCCCCCATCCTCAAATCCTAGCAGGCACAGACCTCTTTCCT11.0416666666666665No Hit
TCTCATAGGTTTTCTTTAATGACAAACAAGCAGTCTGAACATGTATTTTAG11.0416666666666665No Hit
GACTGTCACTATGGAAGGGTGGGAGCGCTATGCTGCCAGATTCTCCATCTC11.0416666666666665No Hit
ATGTGAGACTGACGTAGGTGGATGAAGAGCTGTCTGCTCAGCGCCATCGGG11.0416666666666665No Hit
GTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGGGTTTGAGCTCACAGTATACCTAAGGATGA11.0416666666666665No Hit
TTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAACATAATATCTCGTATGCCGTCT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 44 (95% over 22bp)
GGATGAGATCAATCAGGGCGAATTACATTTTTCTGTTACACTGGTGATCAT11.0416666666666665No Hit
CAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCAAGCAGT11.0416666666666665No Hit
TTACTGCAGGACACTTATTAATACACCTAATCGGAGGAGCTACTCTAGCTG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTTGCTGGAATCTCGTATACCGAC11.0416666666666665No Hit
TGCTAACAGTGCCACCCAGCCACCAGACTGCAAGAGAAAACCCTCGCTCAA11.0416666666666665No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAGAACTGGTTTTACGGGGG11.0416666666666665No Hit
GCTCTTTTCCATTGAAGAAGTCTTGCAGAAGTTTCTGAATCTTGGGGATTC11.0416666666666665No Hit
ACGCAGGGGTCATAGTAAACAATAAAGGAGAGATGAAAGGCTCTGCTATCA11.0416666666666665No Hit
CTTTTTAGCTTTAGTTCTGTGACACAGAGAGTCACTCTTAGTTTCATTAGT11.0416666666666665No Hit
ACTCTGCGTTGATACCACTGCTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTG11.0416666666666665No Hit
GTTATAACATCACTTTGGTGTTTCGTAGTCAAGTTTTAACATAAGGATGCT11.0416666666666665No Hit
CTGACATCTTACTAGCAATTTTTTTTTAGCTCTTTGACACATAATAAAGGC11.0416666666666665No Hit
AGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTGCGCAAGCAGTGGTA11.0416666666666665No Hit
CACACACACTACATGGCCGTTGTCACTGCCTCCCAGCACCTCCTCCAAACC11.0416666666666665No Hit
NTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTTGCTGGAATCTCGTATGCCGTN11.0416666666666665No Hit
GCTGGGAAGAGGACGGAGGCAACTGAGATAGAGGGCTTGACTTTGAGTTCC11.0416666666666665No Hit
CAGTGGAATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT11.0416666666666665No Hit
CAATATGCCCATCATCTCATAAGGAAACACTAAGAAAAAAAGGAGATCTAC11.0416666666666665No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTGCGCAAGCAGGGGTATCAACGCAGA11.0416666666666665No Hit
GCCCCAAGTGTCCAAGAATTTGTTCTCTCTCTTCACCACTATGAGGATGGG11.0416666666666665No Hit
GGTATATTCCACCTTCTTTTCAGCCACAAATGAGCCAACGTCTTGGCCCTC11.0416666666666665No Hit
CTGCTTGCGAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTGCG11.0416666666666665No Hit
GTCTTAAGCAAGCTAACATTAAGTTCACTAAAATTCACAATAGTTCAGGAA11.0416666666666665No Hit
TGATACCACTGCTTCGCGCAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACCAC11.0416666666666665No Hit
CTGACACTCTGTGCCTTTCCACCTTACACACTGAGGTGGGGTCTCTAAGCC11.0416666666666665No Hit
AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTGCAAGCAGTGGT11.0416666666666665No Hit
CTGCCACCTGGGCCATCAACTGTGAATTCTCAGCACCAGTTGCCTTTTAGG11.0416666666666665No Hit
ACATTGTATGTGTGTGCTAGAAGTCAGTTATCATCTATCTATGTGGATCTT11.0416666666666665No Hit
ACACATCTCCGAGCCCACGAGACTTGCTGGAATCTCGTATGCCGTCTTCTG11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 25bp)
GAGTAGATCGATGGCTGGGTGTCTCGGCTGACATCTGCTCTCCTTCTCTTC11.0416666666666665No Hit
GCGTTGATACCACTGCTTCGCGCAAAAAAAAAAAAATACTCTGCGTTGATA11.0416666666666665No Hit
GAGCATGCTGCGCACTCTGTGTGATATCTTCCCGTTGCTGTCTGTCTAGAT11.0416666666666665No Hit
GTGCAGGGAACCATCCACTTCGAGCAGAAGGCAAGCGGTGAACCAGTTGTG11.0416666666666665No Hit
ACACACCTTCTGTGACATTTGAAGCATTTGTGTTACTAACTTACTAGATCC11.0416666666666665No Hit
GCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTGCGAAGCAGTGGAATCAACGCAGAGT11.0416666666666665No Hit
AGCCCCTACATTGCAGATGAGGCTCCCAATGTTGACATTGGCCAGAGCCTT11.0416666666666665No Hit
GTCCATCATGAAAGGAAGACAGGGCAGGAGCTAAAGCAGTGAGCAGGAAGG11.0416666666666665No Hit
CCACTGCTTCGCAAAAAAAAAAAAGAAGTATTCTGGGTTGTTACCACTCCT11.0416666666666665No Hit
CTACGCCCCAGCTGTGCTCCCGGCAGTAGACGCTCGCTCGTCACAGACCAG11.0416666666666665No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGTATCAAATACA11.0416666666666665No Hit
GGGTACAGGGTGCAGAGAGCTCTACAGAGTTGTTTGGTAGGAAGCTGTCTC11.0416666666666665No Hit
CAATTTCACAAATAGTCAATGTTGTACTTTTGCCCATATTGTCTCCTCAAA11.0416666666666665No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGCCCTCGGTGTAAACCCGGA11.0416666666666665No Hit
CATTGGGGCCCTTCTTCTTCCCAAAGGTGGGCATAACATTGACAAAGCGCC11.0416666666666665No Hit

[OK]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
GTAGATC50.045.03
GATGGCT50.045.010
GTGTCTC50.045.019
TCCTTCT50.045.041
TCGATGG50.045.08
CTCCTTC50.045.040
CTGGGTG50.045.015
AGTAGAT50.045.02
TGTCTCG50.045.020
TCGGCTG50.045.024
CATCTGC50.045.032
GCTGGGT50.045.014
ATGGCTG50.045.011
TGACATC50.045.029
CTCTCCT50.045.038
GATCGAT50.045.06
GGCTGGG50.045.013
GGCTGAC50.045.026
CTGACAT50.045.028
ACATCTG50.045.031
Produced by FastQC (version 0.11.2)