FastQCFastQC Report
Thu 9 Apr 2015
H23NVBCXX l02n01 0h_73.341000000079be.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23NVBCXX l02n01 0h_73.341000000079be.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences75
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC46

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAGGATGTGATCTCGTATGCCGTC22.666666666666667No Hit
CTTCAGTGTGCATTTCTCATTTTTCACGTTTTTTAGTAATTTCGTTATTTT11.3333333333333335No Hit
TGCATAGGGTGTGCCAACAACCATTTTATAACCAAATTGTGACCTTGCTTG11.3333333333333335No Hit
GCTGTGGATCCAGGGAGGAAAGGATATGTCTCACTGGAAGACTATACATCA11.3333333333333335No Hit
GGGTGAGGCTTTATTTAATTCACTGTGGGGAAGCCTGGACAGAGGGTGCAG11.3333333333333335No Hit
GTATTTCAGGCAGGACATGGGCAGACAATCAACAATCTGTCTCTTATACAC11.3333333333333335No Hit
CATACAGCATGTGTGTGAGAGAGAGAGAGACAGAGAAAGAGAGAGAGACAG11.3333333333333335No Hit
ATGGAAAAGAATCTCCAAGTGATAAGAAGTCCAAAACTGATGCTCAGAAGA11.3333333333333335No Hit
TAGCTGCAAGTGGTAGATGGCAGCCCCCGTACTCTGCGTTGATACTGTCTC11.3333333333333335No Hit
AACTACCTCAGTCCTCACAGTAAGATTGGAGATGAGGGCAGGGACTCATGC11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.3333333333333335No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTATACACATCTCCGAG11.3333333333333335No Hit
GCGCAAGAGAAGAAAGATGAGGCAGAGGTCCAAGTAAGCCCTGTATCTTAT11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATTCCTGTCTCTTATACACATTCCG11.3333333333333335No Hit
GGTCTAGACAATACTAAAAATTGATGGATCTCATGATTCAAGACAGTATTT11.3333333333333335No Hit
ATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCAAAAACTGTCTCTTATACAC11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCTGTCTCTTATACACATC11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAGATCCTATCTCGTATGCCGTC11.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGGTATCAACGCAAAAACTGTCTCTTATACACAT11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCCTGTCTCTTATACCACATCTCC11.3333333333333335No Hit
GTATGGCACTTGGCGGAAGGCTGCTTCCCTCAAGAGTAACTATAACCTGCC11.3333333333333335No Hit
GTGACAACCCCCCTTGGACTGATCATGCTGAAGACAACTTCGGAAGAGCTA11.3333333333333335No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCCTGTCTCTATACACATCTCCGA11.3333333333333335No Hit
TCCTCCAGCAGGCCCAGCAGACCTGTCACTTCCGCCTCCAGGTGCTCCACC11.3333333333333335No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACAATCTCCGAG11.3333333333333335No Hit
CAACATGAAGAAGAAAAAGCACCAGAAGTGTCACCAGCACAGCCCAAACCT11.3333333333333335No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTTTCTCTTT11.3333333333333335No Hit
GAGCTCCTGAAGGGCTGCCCTGGCCAAGGAACCGCGAATCTTCAGTCTCTC11.3333333333333335No Hit
CTCCAGCAGCCTTCTTGTCCACAGCTTTGATGACACCCACAGCAACTGTCT11.3333333333333335No Hit
GCTATACAGAGCAGCTGTGGGAACCCCAGGGGCTTCCCTACCTCTGTCTCT11.3333333333333335No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGAAGCCCCCCCTGC11.3333333333333335No Hit
TTGAGATCCTGGGTGAGGAGCCAAGGGGAGGAGAGGCTGGCACTTTTCTCA11.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTT11.3333333333333335No Hit
GGCCTGCAGTGTGGCAGTGCGCTCTTCCGCCACGAGGTGGGCTATGTGCCT11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCAAAAAAACTGTCTCTTA11.3333333333333335No Hit
GCCGCACCCCTGCCTTCCACACACCACCGGCGGACCTGTATCTTATACACA11.3333333333333335No Hit
CCTAAAGGAATGGACAAAATGATTCAAGATGGAAAAGGCGATGTGACCATT11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTCTGGACCATCTCGTATGCCGTC11.3333333333333335No Hit
GCGGGGTGCAGCGCTCGCCGGTGGTCGCGATGAGTCTACCCCTCAACCCCA11.3333333333333335No Hit
CTTAAGTGGGGCATGGAGTACAAGGGCTACCTGGTCTCCGTGGATGGCTAC11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCAGAAACTGTCTCTTTATA11.3333333333333335No Hit
GATTAGATGAGTGAGTTACACTGAAAAACACATTCGTTGGAAACGGGATTT11.3333333333333335No Hit
GGTTGCCACTGTGCCAGGAACCCTTAAGAAAAAGGTTCCTGCTGGGCCAAA11.3333333333333335No Hit
CCTGTTGTCCATCGACTACGCCTTTCGGCCTGATCTTAGGCCCTGACTCAC11.3333333333333335No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCCCGAG11.3333333333333335No Hit
CGCAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGGGTTGAAT11.3333333333333335No Hit
CATCTACTCCATTTGTGTATTGATCACAAACATCACAGAAGACATCTTAAA11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGCAGTGGTATCAACGCTGTCTCTTATACACAT11.3333333333333335No Hit
AGCCAGGAATGCAGGCAACATGATCAAGGTGGGCTGGCAAAAGTGGTCTAG11.3333333333333335No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCACTGTCTCTTATACACATCTCCGG11.3333333333333335No Hit
GCCAAATAGTGTGCATACATACAGTATTTAAAGCCAGATCTAGGTTCATTC11.3333333333333335No Hit
GATACCACTGCCCGTACTCTGCGTTGATCTGTCTCTTATACACATCTCCGA11.3333333333333335No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAGTGTAAAAAAGTCT11.3333333333333335No Hit
CATTATATTGGTCCAGAAAAGTTATCCTACTAAAACTGTATGAGTGTGTTA11.3333333333333335No Hit
CATCCCCCCCCGGGAAGGGGGGTCAGCGCCCGTCGGCATGTATTAGCTCTA11.3333333333333335No Hit
TAATTTGAGAGGCCTTTGCTTCAAAACGAGAAGTAATATCAGTATCTGTCT11.3333333333333335No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCACTGTCTCTTATACAATCTCCG11.3333333333333335No Hit
GTGTGAGGTGTTTGCTGCCCCTCCCACCCAGTTTGTATACAGCCACCTAGG11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATTCCGAGCCCACGAGACGAGAGTTGATCTCGTATGCCGTCT11.3333333333333335No Hit
ATGTAATGTATTCAAGGTTCACATGTCTGTATTTGCCCTGTCTCTTATACA11.3333333333333335No Hit
GGCCAGGTGCGGGCATCACATCCTCTGGGACTGGAGTTATAGGTTGTGCAC11.3333333333333335No Hit
GCTCCAGGTTGGTTGTAGTGGTGGTGCCAACGGGGCTATCACCTGCATCTG11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGGTATCAACGCCTGTCTCTTATAACATCTCCG11.3333333333333335No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCCTGTCTCTTATACAGATCTCCG11.3333333333333335No Hit
ATACCACTGCCCGTACTCTGCGTTGATACTGTCTCTTATACACATCTCCGA11.3333333333333335No Hit
GAAGGGGACTTTATTTGGTCCCGGGGTCACATGCCAGGTATGACCACAGCT11.3333333333333335No Hit
CAAGTACACGGTCCAGGATGAGAGTCATTCAGAATGGGTGTCTTGTGTCCG11.3333333333333335No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGTGGTATCAACGCAAACTGTCTCTTATACACA11.3333333333333335No Hit
TTCCTATACTGTGGTTTGTCCCTTTATGAATCAGATACAAGCTGTCTCTTA11.3333333333333335No Hit
GAATGTTATGATAGGACATAGTAATAGTGGTCAGATGTGGAACTGTCTCTT11.3333333333333335No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTCATTAATCTCGTATGCCGTC11.3333333333333335RNA PCR Primer, Index 45 (95% over 21bp)
GACCTGGAATATTGCGAGAAAACTGAAATTCACGGAAAATGAGAAATACCC11.3333333333333335No Hit
GTACTAGCTTAATATCTCTATGTTCTGTGACTTGTATATGTAGTGTTTTCA11.3333333333333335No Hit
GTTGATACCCCGTACTCTGCGTTGATCTGTCTCTTATACACATCTCCGACC11.3333333333333335No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AACGCTG50.045.030
AACGCAG50.045.07
ACGCTGT50.045.031
TGGTATC50.045.023
TATACAC50.045.042
CGGGGTG50.045.018
TGTCTCT50.045.035
ACGCAGA50.045.08
TACGGGG50.045.016
CTCTTAT50.045.038
TTATACA50.045.041
TACACAT50.045.044
CAGAGTA50.045.011
ACACATC50.045.045
AGTACGG50.045.014
AGAGTAC50.045.012
GCTGTCT50.045.033
GAGTACG50.045.013
GTCTCTT50.045.036
CTTATAC50.045.040
Produced by FastQC (version 0.11.2)