FastQCFastQC Report
Fri 12 Feb 2016
H23LNBCXX_l02n01_bir_0113_pb_11.3510000004449f.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23LNBCXX_l02n01_bir_0113_pb_11.3510000004449f.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC43

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTCATTAATCTCGTATGCCGTC44.166666666666666RNA PCR Primer, Index 45 (95% over 21bp)
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTCATTAATCTCGTATGCCGT33.125No Hit
GTCCTTGCGGGCTTCACGAGATCGATTCCTGACTACTTTGCTGTGAATTGC11.0416666666666665No Hit
GTACGGGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAC11.0416666666666665No Hit
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTAATACAACTACCCGTATTCTG11.0416666666666665No Hit
GGTCGACTCTCATCAGCCGCAGACGCTTGCCGCTACTGTCTCTTATACACC11.0416666666666665No Hit
CGGGAAGCGTACACGGTGGATGCCCTGGCAGTCAGAGGCGATGAAGGACGT11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGAGGTTAAGCGACTAAGCGTACACGGTGGATG11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACCCTATGTTTT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
CTGCTCATTGAGGAACAAAATTTTTCTAATGGGAGTGAGTTCAAAAGTCTG11.0416666666666665No Hit
ATGATAGTGTGTCGAAACACACTGGGTTTCCCCATTCGGAAATCGCCGGTT11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACATATCTACCA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
CACACTGGGTTGCCCCATTCGGAAATCGCCGGTTATAACCTGTACCTTATA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAATAAGTTCTAC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACTAGCTGGA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
CTTACAGAGTTTATCATAGGTAGCTTTGTCAAACAAGACTAAGTTATTGAG11.0416666666666665No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCCCCTGTTCCCCT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAATGAGTTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGCTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
GTTACCACTCCTTAGCGGATTTCGACTTCCATGACCACCGTCCTGCTGTCT11.0416666666666665No Hit
GAGTACGGGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
GCTTACCGCGCATGGATGGCGCTGTGGGTACTGACTGTCTGTGCGTCCTGG11.0416666666666665No Hit
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGATCGTGTATCTCGTATGCCGT11.0416666666666665No Hit
TTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACT11.0416666666666665No Hit
GTACGATTTGATGTTACCTGATGCTTAGAGGCTTTTCCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
GAGTACGGGCGGTTGTCCCGGTTTAAGCGTGTAGGCTGGTTTTCCAGGCAA11.0416666666666665No Hit
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTGATTACAATCTCGTATTCCGT11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGACGTTAATCGGGGCAGGGTGAGTCGACCCCT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTCATTAATCTCATATGACGTC11.0416666666666665No Hit
ATCCATAGGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
ACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACCTGTCTCTTATACACATCTC11.0416666666666665No Hit
CCCCTATTATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGAAGGCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
TACATAACCTGACAAACAGAAACAGACTAAGAAGAGACAAGATTTGAGAGA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAATACATAACA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTTCATGTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
GCCTGAATCAGTATGTGTGTTAGTGGAAGCGTCTGGAACTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
ATTTAAAAGAAAATTGAGAGAAAGGACTACAGAGCCCCGAATTAATACCAA11.0416666666666665No Hit
GAATATTGGTGTGTTTATTTGCATCAGATGTGCTGGAATTCATAGAAATCT11.0416666666666665No Hit
AGGCAGAAAGGACTCTGAGCTTTTTTGCCCCACTGAGACCCTGTCTCTTAT11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACACATCTCCGA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
ACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCAC11.0416666666666665No Hit
GGGGTACTTAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGAC11.0416666666666665No Hit
CTCCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
TTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACC11.0416666666666665No Hit
CTCTGGAAGTGGCTTCTGTCGGTATGTCTTTAGGAACTGTCTCTTATACAC11.0416666666666665No Hit
CTTAATCACATGCTAAGATCACGTTGGTTCGACATATAAAATCGAGAACTG11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACGGGAAGCAGTGGTATCAACGCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
CAACCATGGTTAGCATCGGATGCCCATCCCAATGGCCATGAATGTGCCAAA11.0416666666666665No Hit
AAACAGAGTTGCCATTATCAATAAGATTGGTTACAAAGCCATCTGCCTGTC11.0416666666666665No Hit
CTGTGTACCTAATTATGTATAGCAGTGTAGTCTCTGTCTCTTATACACATC11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAACACAACAC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGAATCTGTCCC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
GCAGAGTACGGGGTATCAACGCAGAGTACGGGAGCAGTGGTATCCTGTCTC11.0416666666666665No Hit
GGTTAATGAGGCGAACCGGGGGAACTGAAACATCGTAGTCTATCTCTTATA11.0416666666666665No Hit
GTACTGGTTCACTATCGGTCAGTCAGGAGTATTTAGCCTTGGAGGCTGTCT11.0416666666666665No Hit
GCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
AAGCAGCTTCTTTCTCTCGGAGTTTTCTTTCAAGTTTTCTTCGTTCGTATG11.0416666666666665No Hit
ATTTTGAATAGATCAGCAGAGTAGCATTGCAATACATCTCTCACTTATACA11.0416666666666665No Hit
GATTAACGCTTGCACCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGC11.0416666666666665No Hit
CAGCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAACACGATATTAA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 36 (96% over 29bp)
CAACTGATTTAGTTCAGATGGGCTTCTCAGACGAGGTTTTTGCTACATTGT11.0416666666666665No Hit
GTTTACCGGGGCTTCGATCAAGAGCTTCGCTTGCGCTAACCCCATCAATTA11.0416666666666665No Hit
AGTGGTATCAACGCAGAGTACGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGGA11.0416666666666665No Hit
GAATGTAATCGCATGGAATGGAATGGAAGGCAATAGAGTTTAATCTGTCTC11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCT11.0416666666666665No Hit
GTATCACGCAGAGTACGGGGCCCGGCGCCGGGCATAGTGGTTAGCGCGCCT11.0416666666666665No Hit
GAGCCAACTGATTCAAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGCTGTTGGACTT11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAGCAAAATAAA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
GTGTAATAATGAATTGTTTAAAAAACAGCTCATAATTGATGCCAAATTAAA11.0416666666666665No Hit
AATTAATATGGATGAATCTAAAGCATGTTGCTATCAAGTGAGAACAAATGC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCTAGAATATATCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TTACTAATATCTTGATAGTCGGTCCATAGAGCATTAGAAAGCAATTGACTC11.0416666666666665No Hit
CCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTA11.0416666666666665No Hit
GTTCCTAGTGTAAACCAAATTAGCGACATGTAAAGATTATTTCAGCCTCTA11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGTACGGAAAAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
TTATGGAATGGATCAATGAGGATAACCTCAAAAAATTTGTATGTGGAATCT11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTGAT11.0416666666666665No Hit
CTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGA11.0416666666666665No Hit
AAAGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCAC11.0416666666666665No Hit
CAGCAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAATCGTATGCCGAA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 36 (96% over 29bp)
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCA11.0416666666666665No Hit
GTTTTCAACACTTACCCATTTCATCATGTCTGAAGTCTGTCTCTTATACAC11.0416666666666665No Hit
GGCACAATCCTCTTCATCGCTCTCAGCTTCGTGTCTGTCTCTTATACACAT11.0416666666666665No Hit
GTGAGAAGAAGAAGAAGGAGAAAAAGAAGAAGATTGTTGAAGGAGATCATG11.0416666666666665No Hit
GATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCT11.0416666666666665No Hit
GGCACGGAGTTAGCCGGTGCTTCTTCTGCGGGTAACGTCAATGAGCAAAGG11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAATAAAAACACAAGTTTC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACCGACTCAT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
GAAGAGAATCAAGGAGTAATGGACAGGATTAAGGCTGTCTCTTATACACAT11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAACGATTCCCGC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
TTATAAAACCATCAGATCCCATGAGACTTCTTCACTATCGCAAGAATAGCA11.0416666666666665No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TTGTCAA50.045.026
CAAGACT50.045.034
ACTAAGT50.045.038
AACAAGA50.045.032
AGCTTTG50.045.022
ACAGAGT50.045.04
TACAGAG50.045.03
TAAGTTA50.045.040
AAACAAG50.045.031
ATAGGTA50.045.016
GTCAAAC50.045.028
TAGCTTT50.045.021
TTATTGA50.045.044
TTATCAT50.045.011
CTAAGTT50.045.039
TTACAGA50.045.02
TGTCAAA50.045.027
TATTGAG50.045.045
GAGTTTA50.045.07
CAGAGTT50.045.05