FastQCFastQC Report
Fri 12 Feb 2016
H23LNBCXX_l01n01_bir_1228_pcontrolb_28.35100000042ec1.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23LNBCXX_l01n01_bir_1228_pcontrolb_28.35100000042ec1.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTGCAGAATCTCGTATGCCGTC1010.416666666666668No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGACGGAAGGCGATCTCGTATGCCGTCTT22.083333333333333RNA PCR Primer, Index 33 (95% over 23bp)
CTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTGCAGAATCTCGTATGCCG22.083333333333333No Hit
AAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCAGGAGACTCCTGGTCATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGACACAGTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
ACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGTTTTAAACC11.0416666666666665No Hit
AAAAAGTACTCTGCGTTGATACTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACG11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTCTGACTCTTATACACATCTCCGA11.0416666666666665No Hit
GTGTTCTATGTCATATCTAAGCATTTCACCGCTACATGACATATTCCCTGT11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGAAGCCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCA11.0416666666666665No Hit
AATTTGAATAAGATTGGCTACACTTAGATGCTTTATATCATTAGTGGCTGT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTAGCTGAATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGCCTCATATGCACTCGTATTCCCTCT11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGTCAACGCAGAGTACTTTCCTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCAGCCCACGAGACTCGTGTGCATCTCGTATGCCGTCTTCT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 16 (95% over 23bp)
AGATTATTCATGGTGCTTTAGATCGGCCTTTGGAGACTGGAAGGAATAATG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCTTGAGAATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTTAACCCC11.0416666666666665No Hit
TGATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTCCG11.0416666666666665No Hit
ACGTTAACTCAATATATCAAAAGCCAAAAACAAAGGGCTTCCAGTAAAACA11.0416666666666665No Hit
TTCCACGAGCATTGCCTTCTTATTTTACTTCTTTTAGCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTCTCGGCATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
ATACATAAAGACTCTTGAACAAGGAAGGCTGTCTCTTATACACATCTCCGA11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACACTGCTGCATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
ATCTTGTCTCACATTTAGATCTTTCATCCATTTTGAGCTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGTACTATAATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TTTTTTTTTTGCGTTGATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
CTCTGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAATCTCC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 23 (96% over 28bp)
TCTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTGCAGAATCTCGTATGCCGT11.0416666666666665No Hit
AGATTATCTTTTGGCTTTTGTTCTTGACTGCTTAGAATTGAATATTTTCCT11.0416666666666665No Hit
TCTTGGAGCTTTGACTCTTTTGAGCAGTTTGGTGATAGTGAAAGGAGAAAG11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGGTCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTGCTGGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
GGCTGCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAGAATAAG11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 11 (96% over 30bp)
TCTCCCTACCTGAAACTCAACATCTAATAATGTGGTAGTAGCTTGCCGGGC11.0416666666666665No Hit
TCGTAATATCGGTTTCTCTTTGTTGTTTGCAGAATATTCTCCTTGCGTAGT11.0416666666666665No Hit
AAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGC11.0416666666666665No Hit
AAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACCACCCGTACTCTGCGTTGATACCTCT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCATTCCGAATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 46 (95% over 21bp)
GTTCTTGGTTCACATATCAAGGGTTGGACAAGATATTGAATGGGCTTATGC11.0416666666666665No Hit
GCTAAGGTTCTTGTATTCCACAGTCTCCACATTGAAACCAATGGTTGGAAT11.0416666666666665No Hit
CTCTGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAATGAAAG11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 23 (96% over 28bp)
GAGTACGGGCGGGGCTAAACCATGCACCGAAGCTGCGGCAGCGACGCTTAT11.0416666666666665No Hit
GAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGCGTTGATACCCCCC11.0416666666666665No Hit
TCTTATACACACTCGAGCCCACGAGACGGCATAGGATCTCGTATGCCGTCT11.0416666666666665No Hit
GATACCACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCCGAGC11.0416666666666665No Hit
AAAGAGTACTCTGCGTTGATACCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTT11.0416666666666665No Hit
TCTCATCAACTTCTTCATCAGTAAGCTTCTCACCAAGATTTCTCACTCTCT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTTCGTCATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
ATGTAAGCCAAAGGCCAACAAATGCCATTGATGTAAAAATAAAATGCCGAT11.0416666666666665No Hit
AGCCGTACCATCTCCTCACCGGAGCGGTTGTAGCCGTGATGTCGTCGGCCC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCACCGAGCCCATGAGACGGCATAGGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTCTGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGTACCTGTCGC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 23 (96% over 28bp)
GTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTTAATGCCGCCCAGTTTCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
GGCGCCTGATGACAGGTGGGCATCCCCCACTCCGCTGCACACAGAGGGAGG11.0416666666666665No Hit
CTTCTTTAGAGCCCAATCATTCCAACAAAATATGTTACTCTCTATTTCCTG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCGAGTTAGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCAAGAGACGGCATAGGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTTCAAGACTTATTATAAACCCACTGTGATTAAGACAGTGTTGTAGCACTG11.0416666666666665No Hit
CTCTGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAACAAACAACA11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 23 (96% over 28bp)
AGTTTATGGTGTTTGTTGTTGGAATGATCAAGATTTTGTCTGTCTCTTATA11.0416666666666665No Hit
GAATTACTATCTCCCCATTTTACAGGTATGCAAACCAAACCAAAGGCCAAT11.0416666666666665No Hit
GTATCAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCGG11.0416666666666665No Hit
ACGCTGAAGCAATCTATACCTACGAAGGCACACATGAAGTTAACTCACTGG11.0416666666666665No Hit
GGCTGCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAGACAAAAAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 11 (96% over 30bp)
GATTAAGAAGTCGTCGAGCATGCCGAAGGGAAAGAAATCTCGTGGCTGTCT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGATCTAACTGGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
GGAATGAATGTTTTAACTTCTGCTTCACAATGATAACATTCTAACCGCCAC11.0416666666666665No Hit
GATCAGGGTTGCCCCCATTGTCCAAAATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGG11.0416666666666665No Hit
GGTAGTTGGTAGTTGGTAAAGAGCTAAAGGATAAAGGATAAAGGATGAAGG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAACGTTAGGTCATCTCGTATGCCGTCT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 7 (95% over 21bp)
TCGCCCGACAGTACCAGCGTGACGCCGTCATAAGCCAGCAAGGGCACGGCC11.0416666666666665No Hit
GCAACCTCCGCCTCCAGGTCCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCTGTCCC11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGCAGTGGTATCAACGCAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
AAAGTACTCTGTGTTGATACCCCGTACTCTGCGTTGATACCCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
TCATATCAGTTTTCTTAATGTTTCCTAGGTTGCCTTCCTTCACCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
GTCTCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCGCAATCTTGGCTCCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCTTTCTGCATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CTCGAACCCTTCTCAGAAGATCAAGATCGGTCAGCGGTGCACCCGCGCGGG11.0416666666666665No Hit
AGCTAAGAACTTGGCGTATTATTGTTTCAAGGATGTTGATAGAAGACACAA11.0416666666666665No Hit
TACATACATGGATGCTCAGTTTCTCTTGAAATATGAAGAGTTTCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
GAGTACGGGGCAGTGGTATCAACGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA11.0416666666666665No Hit
GGCTGCATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAACCAAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 11 (96% over 30bp)
ATTAAAGAAAGAACAGATAAGGTGGTTGAGTGTTTTATACACAGGCATACC11.0416666666666665No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TTTTGTC50.045.034
TGTTGTT50.045.014
TTATGGT50.045.04
TTGTCTG50.045.036
CAAGATT50.045.029
TGTTGGA50.045.017
GTTTGTT50.045.011
TTGTTGT50.045.013
TTGTTGG50.045.016
GTGTTTG50.045.09
TCAAGAT50.045.028
TGTCTGT50.045.037
TGTCTCT50.045.041
ATGATCA50.045.024
TGATCAA50.045.025
CTCTTAT50.045.044
TGTTTGT50.045.010
ATGGTGT50.045.06
GTCTGTC50.045.038
GAATGAT50.045.022
Produced by FastQC (version 0.11.2)