FastQCFastQC Report
Fri 12 Feb 2016
H23LNBCXX_l01n01_bir_0113_pb_67.35100000044ba5.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
FilenameH23LNBCXX_l01n01_bir_0113_pb_67.35100000044ba5.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences96
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length51
%GC41

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTCGCTATGATCTCGTATGCCGTC44.166666666666666No Hit
AAACGGAGTGAACAGTCACAAACCAACCAAACAAAAAATCATTGGCACACT11.0416666666666665No Hit
AACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGCAGTCTC11.0416666666666665No Hit
GATTAAAGCTGATTGCTTGATATCCTCATGCTCTTGGCAAGACTCAGGAGG11.0416666666666665No Hit
ACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGAC11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAATAAGGGCAG11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTAGGCGTTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TACTAGGAATTCCTCGTTGAAGACCACTAATTGCTGTCTCTTATACACATC11.0416666666666665No Hit
AAAAAGTACTCTGCGTTGATACCACCCGCACCTATCCCTTACACACATCTC11.0416666666666665No Hit
AGTTAACGCATTTACTAAACGCAGACGAAAATGGAAAGATTAATTGGGAGA11.0416666666666665No Hit
TCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACACACCTGTCT11.0416666666666665No Hit
GATTTGGCACCACATTTACAAAGTAAAAGCATGCACTGTTAATACACCTGT11.0416666666666665No Hit
CTGCGTTGATACCACTGCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTTCTGT11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCCCAATTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAATAAAAAAG11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTCGTACTTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
TAGATGTTTCAGTTCCCCCGGTTCGCCTCATTAACCTATGGATTCAGTTAA11.0416666666666665No Hit
TTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAAT11.0416666666666665No Hit
GGTTATTTTTATGTATGGCTGATAATTTGGACAACCCATTAGTGACCACTG11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAGGCACTAAAAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
AATATGGACAGTTAGCATTTACCAACATGTATCTGTCTCTGTCTCTTATAC11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACAACCTCCCCG11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
AGTGAATTTCCTAGCAACAAACTGCAGATACATTTCAAGGTTCGTGTTTTA11.0416666666666665No Hit
ATCCTATACATAAGGAAGCCATAATGAGTCAACCACTATTTTTAAGATTCA11.0416666666666665No Hit
CATCCCCACACAGCAAGATGTGCTACGGACCCGCGTAAAGACCACGGGGAT11.0416666666666665No Hit
TCATTAACCTATGGATTCAGTTAATGATAGTGTGTCGAAACCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
GTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCGTACTCTGCGTTGCTGTCTCTTAT11.0416666666666665No Hit
ATGCACATGTGTATTATCTGTCACAAATGCTAACTCTCAGATTTGCTATAT11.0416666666666665No Hit
GATCTTATTCTTGTCGAAGTCGGTCTTATAGTGCTTGTCAAAGATCTGTCT11.0416666666666665No Hit
GGAAAAGGATATGCCATGAACACGTCAGAGGAGCTTGAGTTTGTAAAGAAA11.0416666666666665No Hit
GAAGTAATCTGCTTAACAATCTCAGAAGGACTGTGCACTGTCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACACAACTCCCG11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
TCCACATCTACTTCAAGGAATATCACGTTGGAATACTTTTCAGAGAGCTGT11.0416666666666665No Hit
GTACGGGCATCTAAGTACCCCGAGGAAAAGAAATCAACCGAGATTCCCCCA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAACGTATGCCGTC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACGCCCTAGTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
GGTATCAACGCAGAGTACGGGAGCAGTGGTATCAACGCAGAGCTGTCTCTT11.0416666666666665No Hit
GCGTTGATACCCCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTC11.0416666666666665No Hit
CGGTAAGGTGATATGAACCGTTATAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACC11.0416666666666665No Hit
GAGCAGCCCAGAGCCTGAATCAGTGTGTGTGTTAGTGGAAGCGTCTGGAAA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAACAAAATACCC11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
TAAAAACACAGCACTGTGCAAACACGAAAGTGGACGTATACGGTGTGACGC11.0416666666666665No Hit
ATCTAAGGGACACAAATAGAATCATCATTGAATGGAATCGAATGGAATCAT11.0416666666666665No Hit
TTCTTGTGTTCTCTTTGAGATTTCGTCTTGCTTTTGCAATTCATCAAGACT11.0416666666666665No Hit
GTTATAAGACAAGTGAGTCAAGGTTTCAAACCTGTCTCTTATACACATCTC11.0416666666666665No Hit
TTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATACC11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACCCGCTAATATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 6 (95% over 22bp)
GTTTTTACCAAAACCATAGGTGTGCTTACCATAGAAACTGGCTCTTATACA11.0416666666666665No Hit
CTGGCTTTTGCTGGCTGTGTGTTTTGCAGTTTGACCCCCATCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
CTGTATGGCTCTAGGTTATTTGGTCTTGGCATTATTCTACAGATGATGAAG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACTGCCTATGATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
CACCACTTTTGCATGCAGTAAAAAGTTTATTGACTACCTCTAGAGGAACTA11.0416666666666665No Hit
ATCAAGCACCTCATAAATGATCTTCTTGTTCCTCACCAGTTAGTTCCCTAT11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
GGATTGTAGAATATGAGAAAGAGATGGAGAAGATGAAGAACTTAATTCCAT11.0416666666666665No Hit
GCGTCCCCACTTGGTTGAAGTTGACATCTGACGACGTGAAGGAGCAGATTT11.0416666666666665No Hit
GAGTATGTACAGAAAATTCAAGTTTTGTTTGAGACTTCATAAGCTTGGTGC11.0416666666666665No Hit
CTATTGGAGTGAATGTGCAAAACAAGATAGGGAGATAATAATAAAATTCGT11.0416666666666665No Hit
TGAAGAAGCTTCATCTCAACCTCCGTCATGTTTTAGAAACCTTTTATCTCT11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAATCAGAATCA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
CCCGTACTCTGCGTTGATACCTGTCTCTTATACACATCTCCGAGCCCACGA11.0416666666666665No Hit
CATCACAAAGGAGTTTCTGAGAATCATTCTGTCTAGTTTTTCCTGTCTCTT11.0416666666666665No Hit
ACATAACACATTGCATGCTACATAATACACTGTAACCTTCTAGCAGGGGTA11.0416666666666665No Hit
TTTTTTTTTCTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACTTTTTCTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
ATATAAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAAAACTAA11.0416666666666665Illumina PCR Primer Index 8 (96% over 27bp)
TCTCTGAATCCTGAGACATTAGTATTTTGAAGCTCTCGATATTAAGAACTG11.0416666666666665No Hit
CTTATACACATCTCCGAGCCCACGAGACAAGGCATTATCTCGTATGCCGTC11.0416666666666665No Hit
AAAAAGTACTCTGCGTTGATACCCCGTACTCTGCGGTTGATACCTGTCTCT11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAACATATGCCGT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
GGCTAAATACTCCTGACTGACCGATAGTGAACCAGTACCGCTGTCCCTTAT11.0416666666666665No Hit
GTATGGAAACGCCATTAACAAGAACTTGAAGGACTGTCTCTTATACACATC11.0416666666666665No Hit
ATTAAAGGCTTCCCAACTGATGCAACTCTTGATGACATAAAAGAATGGTTA11.0416666666666665No Hit
ATAGTGTGTCGAAACACACTGGGTTTCCCCATTCGGAAATCGCCGGTTATA11.0416666666666665No Hit
GAGATTTCCCCTTTATCCACGTTACCCTGGTTTTCCTTTGTTTTCTGTTTA11.0416666666666665No Hit
GAATATGGGGGGACCATCCTCCAAGGCTAAATACTCCTGACTGACCGATAG11.0416666666666665No Hit
CATTATAAGAGAAAAAAACACGCAAACACACAAGCTCTTATCACAACTTAG11.0416666666666665No Hit
AAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTGATACTGTCTCTTTATACACATCTCC11.0416666666666665No Hit
GAACCAAAGTATGACATGCTGGTAAGCAATATGACTCTGTCTCTTATACAC11.0416666666666665No Hit
GTATTAACTTTACTCCCTTCCTCCCCGCTGAAAGTACTTTACAACCCCTGT11.0416666666666665No Hit
TGACATTTCCCCTCAAGCACCAACACATTTTCTGGTGATACCCAAGAAACA11.0416666666666665No Hit
CTTCTTCTGTGGGTAACGTCAATGAGCAAAGGTATTAACTTTACTCCCTTC11.0416666666666665No Hit
CTTCTATCTTCTCTAAATTGTTTCATCCTACCACTCCCAATTAATCCTGTC11.0416666666666665No Hit
CAGATGAATAGTATAGTGGAATGATCAGACTGGAATGACCTGAACCTGTCT11.0416666666666665No Hit
ACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCTGTCTCTTATACAA11.0416666666666665No Hit
TGTCTTATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAATATACCT11.0416666666666665RNA PCR Primer, Index 27 (96% over 28bp)
AACCCAGTGTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGA11.0416666666666665No Hit
GTGTTTCGACACACTATCATTAACTGAATCCATAGGTTAATGCTGTCTCTT11.0416666666666665No Hit
TATCAACGCAGAGTACGGGAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGGGAAGC11.0416666666666665No Hit
CGGGATACTCCTGACTGACCGATAGTGAACCAGTACCGTGACTGTCTCTTA11.0416666666666665No Hit
CTTCCCGTACTCTGCGTTGATACCACTGCTTCCCGTACTCTGCGTTGATAC11.0416666666666665No Hit
GAAACAGGTTAATATTCCTGTACTTGGTGTTACCTGTCTCTTATACACATC11.0416666666666665No Hit
CGATTACGAGTATTTAGCCTTGGAGGATGGTCCCCCCATATTCAGACAGGA11.0416666666666665No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
ACAAAAT50.045.041
GTATGCC50.045.012
AACAAAA50.045.040
ATCTCGT50.045.07
TGTCTTA50.045.01
TGCCGTC50.045.015
AAACAAA50.045.039
TTATCTC50.045.05
TATGCCG50.045.013
GAAAAAA50.045.030
AAATACC50.045.044
TTCTGCT50.045.022
CCGTCTT50.045.017
TCTGCTT50.045.023
TCTCGTA50.045.08
TATCTCG50.045.06
TGCTTGA50.045.025
ATGCCGT50.045.014
GTCTTCT50.045.019
CGTATGC50.045.011