FastQCFastQC Report
Mon 29 Jan 2024
000000000-LDHC6_l01_n01_ITS-OOChi713.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename000000000-LDHC6_l01_n01_ITS-OOChi713.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences192
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length301
%GC43

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per tile quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATCCACGTGAACCGTTAACCAA4422.916666666666664No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC3920.3125No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT178.854166666666668No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCTTATAC157.8125No Hit
CGGAAGGATCATTACCACATCTGAGCGAACAGCAGTGGATGTCTAGGCTC157.8125No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCTTAT84.166666666666666No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAAC31.5625No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCCCTGTCTCT21.0416666666666665No Hit
CGGAAGGATCATTACCAATCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC21.0416666666666665No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC21.0416666666666665No Hit
CGGAAGGATCATTACCATTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATTCACGTGTACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACGTCGGCAGCAGTGGATGTCTCGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAGCAGTGGATGTCTAGGCGCTGTCTCTTATAC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACACCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTCGGCTCTGCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGTAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAGCAGTGGATGGTCTAGGCTCTGTCTCTTATA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCGAGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGCCAAAAACTATCCACGTGAACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATCCACGTGGACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATCCACGTTAACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGCCTCTTAT10.5208333333333333No Hit
CGGAAAGATCATTACCACTCGTCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCAAATCTGAGCGAACAGCAGTGGATGTCTAGGCTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAGCAGTGGAAGTCTAGGCTCTGTCTCTTATAC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGAGCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGTATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTCGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATCCACGAGAACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAAGATCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGAATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CAGAAGGATCATTACCACACCTAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATCAAC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACATCTGAGCGGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGATACAGCAGTGGATGTCTATGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAAAGCAGGGGATGTCTAGGATCTGTCTCTTAT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCAAGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACATCTGATCGAACAGCAGTGGATGTCTAGCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTTTAGGCTCTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCTTAACCACACCTAAAACTATCCACGTGAACCGTTAACCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAACTATCCACGTGAACCGTTAGCCAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCTATACA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCAGTGTATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGAACATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCACTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTCTTCTCTT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCAGTGGATGTCTAGGCTATGTCTTT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACAGCATTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAATGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTTTAGGTTCCGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACATCTGAGCGAACAGCAGTGGATGTCTAGGCCC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACGAGACGGCAGTGGATGTCTAGGCTCTGTCTCT10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTGCCACATCTTAGCGAACAGCAGTGGATGTCTAGGCTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAAATATTCAAGTGAAACGTTAACAAA10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACTCGTCGGCAGCAGTGGATGTCTAGGCTTTGTC10.5208333333333333No Hit
CGGAAGGATCATTACCACACCTAAAAAACTTTCCACGTGAACCGTATTAA10.5208333333333333No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

Produced by FastQC (version 0.11.9)