FastQCFastQC Report
Thu 4 Jan 2018
000000000-B4NWY_l01n01_c4_wholepop_270.351000000b0c59.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename000000000-B4NWY_l01n01_c4_wholepop_270.351000000b0c59.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences1539
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length151
%GC38

[OK]Per base sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[OK]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[FAIL]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[WARN]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
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CACACCTGAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC50.3248862897985705No Hit
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CATCTCTTAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC50.3248862897985705No Hit
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CGACGGACAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC40.2599090318388564No Hit
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CATTTAAAAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC40.2599090318388564No Hit
ACGTCCCAAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC40.2599090318388564No Hit
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CTTCAAAAAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
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TCAAGCTCAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
TTCTCCTGAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
CTTCTTACAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
CTCGTATCAGTGAATTCGATTGCAGATCAAGGTGCAAGATCGGAAGAGCG30.1949317738791423No Hit
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GCAGATCGATTGATAAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGAC30.1949317738791423Illumina Paired End PCR Primer 2 (100% over 35bp)
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AATGTATCAGAGATTGCAGATCGCAAAAGGAGATCGGAAGAGCGGTTCAG30.1949317738791423No Hit
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GCACGATCAGTGATTTAATATGGACTAAAGGANGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
TTATAAATAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
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CTAACTAAAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC30.1949317738791423No Hit
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GGCTATAGAGTGATTTAATATGGACTAAAGGAGGCTTTTGTCGACGGATC20.1299545159194282No Hit
AAGCTTGAATTGATTGCAGATCCACCAGGAAGATCGGAAGAGCGGTTCAG20.1299545159194282No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[WARN]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
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