FastQCFastQC Report
Fri 24 Apr 2015
000000000-AE52Y l01n02 flu mrt-pcr updated b7.3420000000870d.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename000000000-AE52Y l01n02 flu mrt-pcr updated b7.3420000000870d.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length251
%GC45

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GCTCCGGAGAGCGGCGGGTAGGGGAAGAGGGTTGGGGTTAATGTAGGTAT11.6666666666666667No Hit
ATTCGCTTGGAGAAAATGTGATGAGAATGCGAGAACTTCACTATCTCCAC11.6666666666666667No Hit
AAAGCAGGGGAAAACAAAAGCAACAAACATGAAGGCAATACTAGTAGTTC11.6666666666666667No Hit
GATCGGGAGAGCGGCGGGTAGGGGAAAAGGGGGGGCCATTGGGTAAAAAT11.6666666666666667No Hit
GTGGATTACTGATCGTCTTTTTTTCAAATGTATTTATCGTCGCTTTAAAT11.6666666666666667No Hit
GATTGGGAAAGGGGCGGGTTGGGGAAAAAGGGGGTCCCATGGGTAGAATT11.6666666666666667No Hit
GATAGGGAGAGCCGCGGGTGGGGGAAAAATGGGGCCCTAAATGTATAACC11.6666666666666667No Hit
GCATCGGAGAGGGGCGGGGTGGGGAAGAAGGAGAGGAGTATAATAGAACT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGGGGCGGGGAGGGGAAAAGGGGGGGGCTTAGTGGAAAACG11.6666666666666667No Hit
AGACCAGCACTGGAGCTAGGATGAGTCCCAATAGTTCTCATTGCATGTAC11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTCGACACAAGGTCGTTTTTACACCCTTCGGCACTAATTG11.6666666666666667No Hit
GCAAAAGCAGGACTAAAGACGGGCGGATTAGAGCTGAGACAATAAACTGA11.6666666666666667No Hit
ACAGAGTGCTGATTCACAGCATCGGTTTCACAGACAGATGGCTACTACCA11.6666666666666667No Hit
AGGGGACAGCCTCGCATTTCTACCATGGTGGAGGCTGTCAATTCTAGTGC11.6666666666666667No Hit
GAATGGGAGAAGGGCGTGTAGGGGAAAAGGGGGGGGCTTAGGGGAAAATT11.6666666666666667No Hit
GATAGGGAAAAGGGCGGGGAGGGGAAAAGGGGGGGATTAAGTGTAAAAAT11.6666666666666667No Hit
GAACCAAAAAGCGGCACGTTGGGGAAAAGTGTAAGTCAATAGGTAGAACT11.6666666666666667No Hit
AAAGCAGGCAAAGATATGATCCGTTCTGGCACTGACAGGAATGGCAGACG11.6666666666666667No Hit
GAGTGGGAGATCGCCGCTTTGGGGAAGAAGGCTAGCTCTAGTGAATATAT11.6666666666666667No Hit
ATTCCAAGGGGGAGCATGATATGAATGGTTCCCTTATGACAAACACATCC11.6666666666666667No Hit
CTTGCTGGGGAGAGTGATTCACACTCTGGATTTTCCAGGATCCAGCCAGC11.6666666666666667No Hit
GGACGGGAGGGGGGCGTGGAGGGGAAAAGGGGGGGCCTATGTGGTGAATC11.6666666666666667No Hit
GAACGGGAGAGAGGCGGGGGGGGGAAAAGGGGAGTGCTAAATGCAGATAT11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGTAGTTTTTTACTCTAGCTCTATGTTGAC11.6666666666666667No Hit
CATCGGAGGACTTGAATGGAATGGTAACACGGTTCGAGTCTCTGAAAATA11.6666666666666667No Hit
GATCCGCAAGACAACGTGTTCGGGAAGAGGGGAAGTCTTAGTGGTGAACT11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGTCGTTTTTAAACAATTCGACACTAATTG11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCAAAAGCAGGCTGAGAGCCAGATCAACAAGCAGACCAAGGTG11.6666666666666667No Hit
AGCAACGTCACAGCACCATAAAAAGTATAATCACAATGGGACACCTGGGC11.6666666666666667No Hit
GGTTGGATTAGGAGCATGTAGGGGAAATGTAGACACTTCCACGCTAATAT11.6666666666666667No Hit
GATCCGGAGAGCAGCGCGGGGGGGAAAAAGGTTGGCCTCAATGGTGGAAT11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCGAAAGCAGGCAAACCATTTGAATGGATGTCAATCCGACTCT11.6666666666666667No Hit
GATCGGGAGAGCGTCGCGGTTGGGAAGAGGGTGGGGCATTTTGGAGAAGT11.6666666666666667No Hit
ATCAGCTAGTATACATATGCAGTGGGATTTTCGGCGACAATCCACTCCCT11.6666666666666667No Hit
GTTCACCCTCGGAAGGAGGAATGGCCTTGGCGAGGGTAAGAGGATGGTTG11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCGAAAGCAGGTGCTAGCAGAGCTACAGGACATTGAAAATGAA11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCGAAAGCAGGTACTGATCCAAAATGGAAGACTTTGTGCGACA11.6666666666666667No Hit
GTGAGGACAAGGGGGGTGGTGGGGAAAAGGGGCGGGAACTATGCTGGATT11.6666666666666667No Hit
GATTGGCAGAGGGGGGGGGAGGGGAAAAGGGGTGCAGCAAGGGGAAGATT11.6666666666666667No Hit
GATTGGGAAAGGGGCGTGTTGGGGAAGAGGGTGGCCCCATTGGTAGAATT11.6666666666666667No Hit
TTGAGGATATTGCACATTCTTTCATAAGCAACCCTTGTCCTTCGTCCATT11.6666666666666667No Hit
GCATAAGGAGAAATTAAATCTCCCTTTTTGTCTGGAACCTACCATAAAGA11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCAAAAGCAGGCAGAGGGAGAAGCAAGTTGCCCGCTGAGTGAG11.6666666666666667No Hit
GAATGGGAAAGCGTCGCGGTAGGGAAACACGGGGCGCAATGAGTAGGATT11.6666666666666667No Hit
GAACGGAAGGAAGGCGGGGGGGGGAAGAGGGGGGGCGACTTTGTAGGACA11.6666666666666667No Hit
GATCGGGAGAGCGGCGGGGAGGGGAAAAGGGGGGGCCCTTGTGGAAAACT11.6666666666666667No Hit
AGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAACTAGATGGGGTAAAGCTGGAATCA11.6666666666666667No Hit
CGAGGCCAAGGGTGTTGCCTCTTCCTTTTAAGGACTTTTGATCTCGGCGG11.6666666666666667No Hit
GACTGTTGCCCAATTCCCCATCTGCGCACCTTTGATAATGTGCGCCCACT11.6666666666666667No Hit
GATCTGGAAAGCGTCGGGGTAGGGAAGAGAGGGGGCCAATGAGTGAGATT11.6666666666666667No Hit
GGCTCGGAGAGCGGCGGGTGGGGGAAGAGGGGTGGCCTCATTGGAGATTT11.6666666666666667No Hit
GGAATGGGGAACGGGGGGGTGGGGAAAAGGGTTGGGTTTATTGGAAAGCT11.6666666666666667No Hit
GATTGGGAGAAGGGCGGGGAGGGGAAAAGGGGGCCCCCATGTGTAGAATA11.6666666666666667No Hit
GAATGGGAAAGGGGCGGGTGGGGGAAAAGGGTGGGCCCTAGGGGAGAATG11.6666666666666667No Hit
CGGGATATTAGTAGAAACAAGGGAGTTTTTCCTCAACTGTCATACTCCTC11.6666666666666667No Hit
CTTTTCATTTCCATCCTTCTGTGAGAATTAATGGCCGATTGCAAGTGAAA11.6666666666666667No Hit
GAACGGGAGAGGGGCGGGGTGGGGAAAAGGGGGGGCCCATATGTTGGAGT11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCGAAAGCAGGGTTTCAAAAGGTTATTTGTACACCTGTGTTCA11.6666666666666667No Hit
ACATATTTATTTTAAACACTGTTATTTGGTTTATGTTTTCTTGTGGTTCC11.6666666666666667No Hit
ACTGTTCCCATCCTGTTGTATATGAGGCCCATGCAACTGGCAAGTGCACC11.6666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
AGGGGAA50.0245.000026
GTCGCAG50.0245.00002245
GCAGGGG50.0245.000024
AGCAGGG50.0245.000023
CAGGGGA50.0245.000025
GGGAAAA50.0245.000028
AAAGCAG50.0245.000021
GGGGAAA50.0245.000027
GGAAAAC50.0245.000029
AAGCAGG50.0245.000022