FastQCFastQC Report
Fri 24 Apr 2015
000000000-AE52Y l01n01 flu mrt-pcr updated b7.34100000008700.fastq.gz

Summary

[OK]Basic Statistics

MeasureValue
Filename000000000-AE52Y l01n01 flu mrt-pcr updated b7.34100000008700.fastq.gz
File typeConventional base calls
EncodingSanger / Illumina 1.9
Total Sequences60
Sequences flagged as poor quality0
Sequence length251
%GC43

[FAIL]Per base sequence quality

Per base quality graph

[FAIL]Per tile sequence quality

Per base quality graph

[WARN]Per sequence quality scores

Per Sequence quality graph

[FAIL]Per base sequence content

Per base sequence content

[FAIL]Per sequence GC content

Per sequence GC content graph

[OK]Per base N content

N content graph

[OK]Sequence Length Distribution

Sequence length distribution

[OK]Sequence Duplication Levels

Duplication level graph

[FAIL]Overrepresented sequences

SequenceCountPercentagePossible Source
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTGAAGCTATCTCGTAT46.666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGCATTTTTTCATGAAGGACAAGTTAAATT23.3333333333333335No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATTAATCGATCTCGTAT23.3333333333333335TruSeq Adapter, Index 1 (97% over 37bp)
GGGGGGAGCAAAAGCAGGTAGATATTTAAAGATGAGTCTTCTAACCGAGG23.3333333333333335No Hit
ATCTATTTCTTCTCTGTTTAATTTTGCTTCCTCTGAGTATTTTGGGTAGT11.6666666666666667No Hit
GAAACTATTCTCTGTCGCTTTCAATCTGTGCCGCATTTCTTCAATTAACC11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATGAATCGATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
CCCAATAGTTCTCATTGCATGTACCATCTGCCTAGTCTGATTAGCAACCT11.6666666666666667No Hit
GTCAGCAGCTGGAATCCTCTTGCCTAAAGTGCTTCCACAGCGCTCTCCCA11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTGAATCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTAAGATATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 22 (97% over 37bp)
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGGTATTTTTCCTCAACTGTCATACTCCTC11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTGAAATTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 39bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAAGTCCAGTCACATTCAGAAATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 27 (97% over 37bp)
CAAGACATGGAAACAACATATGCCCATTGACATTTCAATTTTTAAAAAAT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGCACATTCAGAAATCTCGTATG11.6666666666666667Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 29bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTACAGTCACGAGATTCCATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 9 (97% over 35bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATTCAGCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 13 (97% over 38bp)
GGTCTTGCCAGGTGTTTTGCAATTGATTAGATGTTGATGCCGTTCGTTGA11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATGACGCGATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 1 (97% over 39bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTACTCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 22 (97% over 38bp)
CATGGGGCCCAACCCAGGAGAGAAGTCAGCGAGGACTGCGGGGGCTCCCG11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATGAAGCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
CCAGATTGCTTCAAATGAGAATGTGGAAACCATGGACTCCAATACCCTGG11.6666666666666667No Hit
GGGGGGAGCAAAAGCAGGGGGAGCGGCAGGCAGAGGGAGAAGCAGCCACC11.6666666666666667No Hit
ACCACCAATCCACTAATCAGGCATGAAAACAGAATGGTGCTGGCTAGCAC11.6666666666666667No Hit
ATGGCGAAGATGCAACAGCAGGTCTTACTCATATCATGATTTGGCATTCC11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGTAGTTTTTTACTCTAGCTCTATGTTGAC11.6666666666666667No Hit
GGGAGTGCAGATGCAGCGATTCAAGTGATCCTCTCGTCATTGCAGCAAAT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTACGAGATTCCATCTCGTATG11.6666666666666667Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 30bp)
TCCAAAGGGGTCCTGCGGAGGCACTTGGGCGGGCACCTGGGGTGGGAGCT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTACTCCGGAGAATCTCGTATG11.6666666666666667Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 30bp)
GGGGGGAGCGAAAGCAGGTCAAATATATTCAATATGGAGAGAATAAAAGA11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGGTGTTTTTCTCATGCTTCTGAAATCCTA11.6666666666666667No Hit
CCGAAAACCCCTCAAGTTGTGGAGACGCATATAGACTGTTGAATACAGAT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTGAATTTATTTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGCAGACAAACAATAGAGAAAATGAATTGT11.6666666666666667No Hit
AAACACCATTGCCGTATTTGAATGAAAACCCTTTTACTCCATTTGCTCCA11.6666666666666667No Hit
AGAGTTGAAATATGGGTGCCTCGCTGGCTCAGTTGGTACAGCATACAGCT11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATGACGCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 1 (97% over 39bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTGAAGAAATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 38bp)
GGGGGGAGCAAAAGCAGGGTGACAAAAACATAATGGACTCCAACACCATG11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTAACGAGATTCCATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 9 (97% over 35bp)
GAAACACTCTTGTGGTTGGTAAATAATGCAGGATCTTTATGGTAGGTTCC11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACATGACTCTATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 1 (97% over 38bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCGTCACCGCTCATTATCTCGTATGC11.6666666666666667Illumina Multiplexing PCR Primer 2.01 (96% over 26bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCTTACGCGATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 22 (97% over 39bp)
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGCCTACCTCTACAACTCTTTCAAACATAT11.6666666666666667No Hit
CGGGTTATTAGTAGAAACAAGGGTGTTTTTTATCATTAAATAAGCTGAAA11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACGTGATTCCATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 37bp)
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACCCGGAACAATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 7 (97% over 36bp)
CAATTCCTCTCTCTGCCCTGTTAGTGGATGGGCTATATACAGTAAAGACA11.6666666666666667No Hit
GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACGTGAATCCATCTCGTAT11.6666666666666667TruSeq Adapter, Index 19 (97% over 40bp)
TTCTGGTGCCATATTTTCACCGAGTGCCTACTCCAATTGGCTTGTTTTCT11.6666666666666667No Hit

[FAIL]Adapter Content

Adapter graph

[FAIL]Kmer Content

Kmer graph

SequenceCountPValueObs/Exp MaxMax Obs/Exp Position
TTTCTTC50.0245.000026
ATCTATT50.0245.000021
TTCTGCT50.0245.00002245
TCTATTT50.0245.000022
TTCTTCT50.0245.000027
TATTTCT50.0245.000024
TCTTCTC50.0245.000028
ATTTCTT50.0245.000025
CTTCTCT50.0245.000029
CTATTTC50.0245.000023
Produced by FastQC (version 0.11.2)